Pada 23 November 2006, Persekutuan telah digantung oleh FIFA, disebabkan oleh campur tangan kerajaan dalam hal-hal bola sepak. Peraturan penetapan FIFA yang dimana persekutuan bola sepak negara harus kekal autonomi daripada kerajaan negara. Namun pada 17 Disember 2006, larangan itu ditarik balik dan Lembaga sementara yang baru terdiri daripada Mohsen Safaei Farahani sebagai pengerusi, Kiomars Hashemi sebagai Timbalan Pengerusi dan Mohammad Hassan Ansarifar, Dr Hassan Ghaffari, Dr Mohammad Khabiri dan Ali Reghbati sebagai ahli.