Pertanian, perhutanan dan perikanan membentuk sektor utama ekonomi Jepun, bersama dengan industri perlombongan, tetapi secara keseluruhan industri-industri ini menyumbang hanya 1.3% keluaran negara kasar. Hanya 15% tanah Jepun sesuai untuk penanaman, namun ekonomi pertanian secara besarnya disubsidi dan dilindungi. Pertanian, perhutanan dan perikanan menguasai ekonomi Jepun hingga 1940-an, tetapi selepas itu merosot hingga secara relatifnya tidak penting (lihat pertanian di Empayar Jepun). Pada lewat abad ke-19 (zaman Meiji), sektor-sektor ini meliputi lebih daripada 80 % pekerjaan. Pekerjaan dalam pertanian merosot sewaktu zaman sebelum perang, tetapi sektor ini masih lagi majikan terbesar (sekitar 50 % tenaga kerja) pada akhir Perang Dunia II. Ia selanjutnya merosot menjadi 23.5 % pada 1965, 11.9 % pada 1977, dan 7.2 % pada 1988. Kepentingan pertanian dalam ekonomi negara ini kemudian terus merosot dengan cepat, dengan bahagian pengeluaran pertanian bersih dalam KNK akhirnya berkurangan di antara 1975 dan 1989 daripada 4.1 ke 3 %. Pada lewat 1980-an, 85.5 % para petani Jepun juga terlibat dalam pekerjaan di luar pertanian, dan kebanyakan para petani separuh masa ini memperolehi sebahagian besar pedapatan mereka daripada aktiviti-aktiviti bukan pertanian.Letusan ekonomi Jepun yang bermula pada 1950-an meninggalkan para petani kebelakangan daripada segi pendapatan dan teknologi pertanian. Mereka tertarik pada dasar kawalan makanan kerajaan di mana harga beras dijamin tinggi dan para petani digalakkan menambah hasil keluaran pilihan mereka sendiri. Para petani menjadi pengeluar beras secara besar-besaran, malah menukar kebun sayur-sayuran mereka sendiri menjadi sawah padi. Hasil keluaran mereka bertambah hingga lebih 14 juta tan metrik sewaktu lewat 1960-an, suatu hasil langsung pembesaran kawasan tanaman dan pertambahan hasil bagi setiap unit kawasan, disebabkan oleh teknik penanaman yang bertambah baik.Tiga jenis rumah tangga pertanian berkembang: yang terlibat secara khusus dalam pertanian (14.5 % daripada 4.2 juta rumah tangga ladang pada 1988, turun daripada 21.5 % pada 1965); yang lebih daripada separuh pendapatan mereka datang dari ladang (14.2 %, turun daripada 36.7 % pada 1965); dan yang terlibat besar dalam pekerjaan selain daripada pertanian (71.3 %, naik daripada 41.8 % pada 1965). Apabila semakin banyak keluarga ladang bertukar ke aktiviti-aktiviti bukan pertanian, penduduk ladang merosot (turun daripada 4.9 juta pada 1975 ke 4.8 juta pada 1988). Kadar penyusutan berkurangan pada lewat 1970-an dan 1980-an, tetapi umur purata petani bertambah menjadi 51 tahun pada 1980, 12 tahun lebih tua daripada purata pekerja industri.