Setiap episod Phineas dan Ferb terdiri daripada tiga senario; iaitu senario utama yang menumpu pada Phineas dan Ferb, dan senario kecil yang melibatkan Candace dan rakan-rakannya atau Ejen P dan Dr. Doofenshmirtz.

Senario Phineas dan Ferb

Phineas Flynn (Vincent Martella) dan Ferb Fletcher (Thomas Sangster) adalah dua adik-beradik tiri yang tinggal bersama kakak mereka Candace Flynn (Ashley Tisdale) dan ibu bapa mereka Linda Flynn (Caroline Rhea) dan Lawrence Fletcher (Richard O'Brien) di bandar Danville, Illinois. Adik-beradik ini tidak puas hati kerana terpaksa menghabiskan cuti dalam bandar sahaja, maka mereka melakukan lagak-lagak yang pelik-pelik (seperti melawan sotong gergasi, mencari mumia, menyatukan semua kumpulan muzik, berlumba kereta, membina roller-coaster, dan sebagainya), agar menggempakkan lagi percutian mereka. Kakak mereka, Candace, sedar akan perbuatan mereka dan sering cuba merosakkan rancangan mereka dengan memberitahu ibu mereka agar pengembaraan Phineas dan Ferb ditamatkan. Tindakan Candace selalunya timbul atas rasa cemburu kerana dia tidak berpeluang untuk terlepas dari perbuatan-perbuatan sedemikian.

Sub-Plot Ejen P

Haiwan peliharaan Phineas dan Ferb, Perry si Platipus (Dee Bradley Baker), sebenarnya merupakan seorang perisik bernama "Ejen P". Biasanya, kemunculan pertama Perry dalam satu cerita adalah selepas seseorang (biasanya Phineas) perasan dia sudah hilang, lalu bertanya "Hey, where's Perry?". Selepas itu, babak beralih pandangan ke arah Perry yang memasuki pelongsor atau pintu rahsia yang membawanya ke suatu markas bawah tanah di mana dia menerima arahan melalui monitor, dari pihak atasannya Mejar Monogram (Jeff "Swampy" Marsh). Mejar Monogram kemudian menugaskan misi kepada Perry yang selalunya melibatkan Dr. Heinz Doofenshmirtz (Dan Povenmire) dan rancangan-rancangan jahatnya untuk menghuru-harakan masyarakat setempat.

Kebanyakan sub-plot Perry ini menyaksikan wira platipus ini melawan Dr. Doffenshmirtz dalam gaya-gaya yang agak basi (seperti Doffenshmirtz menjelaskan rancangannya secara berlarutan kepada Perry). Selalunya, pertempuran antara Ejen P dan saintis gila tersebut berlangsung dekat sekali dengan tempat Phineas dan Ferb melaksanakan rancangan mereka, dan biasanya membantu menghapuskan segala bukti yang berkaitan dengan perbuatan adik-beradik tersebut sebelum Candace sempat menunjukkan ibunya apa yang dilakukan oleh Phineas dan Ferb.

Sub-Plot Candace

Adakalanya, terdapat sub-plot yang berkenaan Candace di tengah cerita, biasanya melibatkan Candace bersembang atau berlepak bersama kawannya Stacy, ataupun cuba menawan hati jejaka pujaannya, Jeremy. Sub-plot sedemikian sering berjalin dengan bermacam-macan cubaan Candace untuk merosakkan pengembaraan adik-adiknya.