Tobias Ratschiller, seorang konsultan IT merupakan pengasas bagi syarikat Maguma. Beliau kemudiannya mula bekerja dalam membangunkan antara muka pengguna terakhir bagi MySQL pada tahun 1998. Apabila dia berputus asa dalam projek itu pada tahun 2000 kerana kekurangan masa, phpMyAdmin sudah pun menjadi salah satu aplikasi PHP yang popular dengan komuniti pengguna dan penyumbang yang besar. Ia juga telah dimasukkan dalam pelbagai distribusi Linux

Dalam usaha untuk menguruskan bilangan penampal (komputer) yang banyak, sekumpulan tiga pembangun perisian, Olivier Müller, Marc Delisle and Loïc Chapeaux, mendaftar The phpMyAdmin Project di SourceForge and dan mengambil alih pembangunan pada tahun 2001

Keluaran

• 0.9.0 (9 September, 1998) : Keluaran dalaman yang pertama.
• 1.0.1 (26 Oktober, 1998)
• 1.2.0 (29 November, 1998)
• 1.3.1 (27 Disember, 1998) : Versi pelbagai-bahasa pertama.
• 2.1.0 (8 Jun, 2000): Keluaran terakhir pembangun asal Tobias Ratschiller.
• 2.2.0 (31 Ogos, 2001) : Keluaran stabil pertama oleh The phpMyAdmin Project.
• 2.3.0 (8 November, 2001) : Paparan pangkalan data dan jadual dibahagikan kepada beberapa bahagian kecil.
• 2.5.0 (5 November, 2003) : Pengenalan kepada sistem transformasi berasaskan MIME.
• 2.6.0 (27 September, 2004) : Set karekter yang diperbaharui dan sokongan MySQL 4.1.
• 2.7.0 (4 Disember, 2005) : Keupayaan mengimport yang diperbaharui, tatarajah yang lebih mudah, pengemaskinian antaramuka pengguna, dan banyak lagi.
• 2.8.0 (6 Mac, 2006) : Kemaskini kesesuaian, melindung pangkalan data, had ingatan yang boleh diubah suai, pemasangan antaramuka web.
• 2.9.0 (20 September, 2006)
• 2.10.0 (27 Februari, 2007) : Antaramuka Pengguna Bergrafik, dipanggil Designer