Phra Nakhon pernah menjadi amphoe bernama Amphoe Chana Songkhram (อำเภอชนะสงคราม). Pentadbiran telah dirombak pada 15 Oktober 1915 ketika 25 amfora baru diciptakan untuk bahagian dalaman Bangkok. Pada 12 Mac 1928, enam daripada amphoe ini, Amphoe Phahurat, Amphoe Samran Rat, Amphoe Phra Ratchawang, Amphoe Chana Songkhram, Amphoe Sam Yot, dan Amphoe Bang Khun Phrom telah digabungkan menjadi Amphoe Phra Nakhon. Ia menjadi Khet Phra Nakhon pada tahun 1972.