Objek tertimbus di bawah Pompeii telah dipelihara selama hampir dua ribu tahun. Kekurangan udara dan kelembapan membiarkan objek kekal bawah tanah dengan sedikit kemerosotan. Setelah digali, tapak ini menyediakan pelbagai bahan sumber dan bukti untuk analisis, memberi detail ke dalam kehidupan penduduk Pompeii. Walau bagaimanapun, apabila terdedah, Pompeii telah tertakluk kepada kedua-dua kuasa semula jadi dan buatan manusia, yang telah cepat meningkat kemerosotan.

Luluhawa, hakisan, pendedahan cahaya, kerosakan air, kaedah miskin penggalian dan pembinaan semula, tumbuhan dan haiwan baru, pelancongan, vandalisme dan kecurian semuanya merosakkan tapak dalam beberapa cara. Dua pertiga daripada bandar telah digali, tetapi sisa-sisa bandar raya ini semakin teruk.[33]

Kebimbangan untuk pemuliharaan mempunyai ahli arkeologi terus bermasalah. Kota purba telah dimasukkan ke dalam 1996 World Monuments Watch oleh Tabung Monumen Dunia, dan sekali lagi pada tahun 1998 dan pada tahun 2000. Pada tahun 1996 organisasi mendakwa bahawa Pompeii "sangat-sangat memerlukan pembaikan" dan menggesa penggubalan pelan umum pemulihan dan tafsiran.[34] Organisasi ini disokong pemuliharaan di Pompeii dengan pembiayaan daripada American Express dan Yayasan Samuel H. Kress.[35]

Hari ini, pembiayaan kebanyakannya diarahkan ke dalam pemuliharaan tapak ini; Walau bagaimanapun, disebabkan oleh hamparan Pompeii dan skala masalah, ini adalah tidak mencukupi dalam menghentikan pereputan perlahan bahan-bahan. Dianggarkan AS $ 335 juta diperlukan untuk semua kerja yang perlu di Pompeii. Satu kajian baru-baru ini telah mencadangkan satu strategi yang baik untuk tafsiran dan persembahan tapak ini sebagai kaedah yang kos efektif untuk meningkatkan pemuliharaan dan pemeliharaan dalam jangka masa pendek.[36]

Jun 2013 UNESCO menyatakan: Jika pemulihan dan pemeliharaan "gagal untuk menyampaikan kemajuan besar dalam dua tahun akan datang," Pompeii boleh diletakkan dalam Senarai Warisan Dunia dalam Bahaya.[37]

Rumah kepada keruntuhan Gladiator

Schola Armatorum berusia 2000 tahun (House of the Gladiators) runtuh pada 6 November 2010. Struktur ini tidak terbuka kepada pengunjung, tetapi di luar boleh dilihat kepada pelancong. Tidak ada penentuan segera tentang apa yang menyebabkan bangunan runtuh, walaupun laporan mencadangkan penyusupan air berikutan hujan lebat mungkin telah bertanggungjawab. Terdapat kontroversi sengit selepas kejatuhan, dengan tuduhan kecuaian.[38][39]