Penghuni-penghuni pertama di pulau Bali dipercayai merupakan penghijrah-penghijrah dari Asia yang datang pada 2500 SM. Zaman prasejarah kemudian berakhir dengan kedatangan orang-orang Hindu dari India pada 100 SM.

Pada zaman kerajaan Majapahit, hampir seluruh nusantara beragama Hindu. Namun seiring dengan datangnya Islam, berdirilah kerajaan Islam di nusantara yang menyebabkan keruntuhan Majapahit sekitar tahun 1500. Kebanyakan orang Hindu datang dari Pulau Jawa.

Penjelajah Eropah pertama yang menemui Bali ialah Cornelis de Houtman dari Belanda pada 1597. Melalui Syarikat Hindia Timur Belanda (Vereenigde Oostindische Compagnie), Belanda kemudian menjajah Bali, dan mencetuskan perang yang melibatkan seluruh rakyat, baik lelaki mahupun perempuan, termasuk rajanya.

Sejak penubuhan Republik Indonesia, Bali telah menjadi sebahagian negara tersebut.