Pembentukan suatu pusat amaran taufan di Lautan Pasifik ini bermula ekoran daripada Taufan Cobra pada 18 Disember 1944. Taufan ini mengakibatkan 790 kematian dan merupakan bencana taufan yang terburuk bagi tentera Amerika Syarikat sejak 1889 walaupun sistem taufan ini kecil. Oleh sebab yang demikian, stesen cuaca mula dibina di Kepulauan Caroline dan seterusnya di Manila, Iwo Jima dan Okinawa. Pejabat pusat cuaca baharu untuk pengagihan maklumat dibina di Guam dan Leyte.[2] Pada tahun 1959, JTWC ditubuhkan di Nimitz Hill, Guam dengan gabungan bekas pangkalan tentera laut di Guam, Hawaii dan Filipina, dan pangkalan tentera udara di Jepun.[3]

Pada bulan November 1962, Taufan Karen membinasakan bangunan Pusat Cuaca Armada/JTWC. Maka pejabat dipindahkan ke bangunan yang kalis taufan pada tahun 1965.[4] Pada 1 Januari 2000, pusat ini dipindahkan ke Pearl Harbor atas sebab pengaturan semula dan penutupan pangkalan (Base Realignment and Closure, BRAC).