Selepas belajar, Rafizi bekerja di firma Jeffreys Henry Chartered Accountants, London (1999 – 2003). Beliau diterima sebagai ahli Institute of Chartered Accountants in England and Wales (ICAEW) pada 2003 dan Malaysian Institute of Accountants (MIA) pada 2003 apabila pulang ke Malaysia.

Rafizi bekerja di Petronas / MTBE Malaysia Sdn Bhd (2003 – 2005) dan menjadi Pengurus, Propane Dehydrogenation Plant.

Kerjaya beliau menapak ke Pengurus Kanan (Perancangan Perniagaan, Operasi dan Teknologi Urusniaga Petrokimia).

Semasa di Petronas Carigali Sdn Bhd (2007 – 2009), beliau menjadi Pengurus Kanan (Perakaunan, Belanjawan dan Percukaian Antarabangsa).

Pada 2009 beliau bertukar kerja ke Pharmaniaga Berhad sebagai pengurus besar, sebelum menjadi ketua eksekutif di Pejabat Penasihat Ekonomi Selangor (2009 – 2012)[5]