Antara anugerah kebesaran tentera, persekutuan dan negeri yang dikurniakan kepada Jeneral Tan Sri Raja Mohamed Affandi adalah PGAT PMN PSM PJN SSAP SPMT SPMP SPMS SPTS SPMK SPKK DPPN DCSM PSAT DGMK DSDK DSAP DMPN PAT JSM SMZ KAT KMN PNBB.[1]

Anugerah luar negara

• Singapura
  • - Darjah Utama Bakti Cemerlang (Tentera) (20 Mac 2018)[4]
• Brunei
  • - Darjah Paduka Keberanian Laila Terbilang Yang Amat Gemilang Darjah Pertama (D.P.K.T.) yang membawa gelaran Dato Paduka Seri (15 Julai 2017).[5]