Pada bulan September 2003, bekas ketua penyunting Rakyat Merdeka, Karim Paputungan dijatuhkan hukuman penjara 5 bulan, digantung selama 10 bulan oleh Mahkamah Daerah Jakarta Pusat, karena menghina pembicara DPR, Akbar Tandjung. Dalam kes yang berasingan, Suparatkam, penyunting lain, dijatuhkan hukuman penjara 6 bulan dan percubaan selama 1 tahun, setelah didapati bersalah oleh mahkamah Jakarta kerana "menyebarkan kebencian" setelah dia menerbitkan berita utama yang mengkritik pemerintah Indonesia dan kemudian Presiden Megawati Sukarnoputri.[4]

Pada 27 Mac 2006, akhbar itu menerbitkan kartun editorial halaman depan yang menggambarkan Perdana Menteri Australia dan Menteri Luar Negeri sebagai 'binatang dingo yang sedang berkongkek'.[5]