Rin berperanan menceritakan permulaan kisah Fate/stay night, menjelaskan tiga hari pertamanya dalam perang Holy Grail kelima. Dalam dialognya, dia mendedahkan kepada Servantnya iaitu Archer, bahawa dia menyertai peperangan ini hanya untuk keinginan kompetitifnya sendiri dan muncul sebagai juara. Dia juga menyatakan ketidakpuasan hatinya terhadap Archer, kerana dia dari awal-awal lagi telah bertekad untuk menyeru Servant kelas Saber, meskipun tidak lama kemudian dia bertambah lebih mesra dengannya.

Setelah merayau disekitar Fuyuki City, Rin diserang hendap Lancer di Homurabara Gakuen yang kemudiannya bertarung dengan Archer. Pertarungan ini terganggu apabila Shirō Emiya ternampak pertempuran mereka dan dikejar Lancer. Rin yang berasa simpati terhadap Shirō yang tinggal nyawa-nyawa ikan selepas dicedera oleh tombak Lancer, menggunakan loket sanjungan keluarganya, yang mempunyai kepekatan Mana tinggi, untuk membaiki organ-organ Shirō, termasuk jantungnya. Selepas dia kembali ke rumah, dia menyedari bahawa Lancer akan tetap menjejaki Shirō dan akan membunuhnya selagi dia masih bernyawa. Dengan ini, Rin menuju ke kawasan perumahan Shirō. Rin bertemu dengan Saber buat pertama kalinya di sini, dan ketiga-tiga senario Fate/stay night bercabang di sini.

Menerusi penutup prolog judul ini, Rin telahpun menggunakan dua Mantra Perintah ataupun Reiju ke atas Archer; yang pertama untuk memaksanya berserah ke atas arahannya apabila dia berdegil selepas diseru, dan yang kedua ialah untuk memaksanya berubah ke bentuk "halus" sebelum dia dibunuh Saber. Dalam setiap senario, posisinya sebagai pencerita digantikan oleh Shirō.

Dalam senario Fate, Rin berperanan sebagai seorang penasihat kepada Shirō, dengan tanggungjawab yang penuh untuk cuba memperkenalkan sihir tradisional dalam kehidupan Shirō dengan betul. Meskipun akibat kecuaian Shirō Servantnya terkorban, dia tidak memegang sebarang dendam terhadapnya, namun dia tetap menyembunyikan keperitan hatinya selepas kehilangan kedua-dua Archer dan peluangnya memenangi peperangan Holy Grail. Rin kemudiannya ditikam Kirei Kotomine dalam rumah Shirō, tetapi dia terselamat dan akhirnya keluar negara ke London selepas tamatnya perang itu untuk menjadi seorang ahli sihir yang sejati.

Rin ialah wirawati dalam senario Unlimited Blade Works dan mempunyai hubungan romantik bersama-sama Shirō. Dalam Heaven's Feel, dia menggunakan "Pedang Permata Zelretch" untuk bertarung dengan Sakura Matō.

Rin dan Shirō menjadi rakan seperjuangan dalam tiap-tiap satu senario Fate/stay night. Dalam kebenarannya, Rin amat mengambil berat tentang Shirō. Namun selain daripada senario Unlimited Blade Works, dia mengakhiri perang kelima itu hanya sebagai seorang penasihat Shirō dan bukan seorang yang dicintainya. Dalam senario Fate, dia berperanan sebagai seorang pemerhati kehidupan Shirō di atas dedikasi Shirō terhadap idealnya. Dalam senario Heaven's Feel pula, dia tidak menurut perasaannya terhadap Shirō disebabkan Sakura Matō, adik perempuan kandungnya, yang turut mencintai Shirō. Terdapat sesetengah yang berpendapat bahawa Rin seorang biseks seperti yang dilihat dalam suatu bahagian kisah Fate/stay night di mana Rin bersama-sama dengan Saber. Meskipun kejadian ini bukannya biasa, "interaksi" di antara seorang wanita dengan wanita yang lain bukannya berita baharu dalam budaya Jepun.