Wilayah Samut Prakan diasaskan pada zaman Ayutthaya, dengan pusat pentadbirannya di Prapadaeng. Tempat ini merupakan sebuah pelabuhan yang dilindungi oleh kubu-kubu, serta parit dan dinding kota.

Raja Rama II memulakan pembinaan pusat barunya di Samut Prakan pada tahun 1819 selepas pendahulunya, Raja Taksin meruntuhkan semua struktur pengukuhan kota ini. Sebanyak enam buah kubu dibina di kedua-dua belah Sungai Chao Phraya, dan pagoda Phra Samut Chedi dibina di sebuah pulau yang terletak di sungai itu. Antara enam buah kubu yang asal ini, hanya dua masih wujud pada hari ini, iaitu Phi Sua Samut and Phra Chulachomklao.

Nama "Samut Prakan" bermaksud kubu (prakan} laut (samut).