Menurut tradisi, gereja pertama Saint Geminianus di Venice didirikan pada sekitar tahun 554 hingga 564 Masihi oleh Byzantine jeneral Narses. Ia dikatakan telah dibangun untuk mengucapkan terima kasih kepada pihak Venesia atas bantuan mereka semasa pengepungan Ravenna. Tidak jelas apakah bangunan ini musnah akibat kebakaran pada tahun 976,[1] dan gereja pertama kali didokumentasikan dengan pasti pada tahun 1023.[2] Ia mungkin telah musnah semasa serangkaian kebakaran dan gempa bumi pada tahun 1106.[1] Pada akhir abad ke-12, semasa pemerintahan Doge Sebastiano Ziani, gereja itu dirobohkan dan dibina semula di tempat lain. lokasi untuk memberi laluan kepada pengembangan Piazza San Marco.[2]

Venice: Piazza San Marco looking west towards San Geminiano (sekitar 1723–24), lukisan oleh Canaletto dalam Koleksi Diraja

Gereja abad ke-12 dirobohkan dan diganti sekali lagi pada awal abad ke-16. Pembinaan dimulakan pada tahun 1505 untuk reka bentuk arkitek Cristoforo da Legname,[2] tetapi pada pertengahan abad ini bangunannya tidak lengkap. Pada tahun 1552, juru beli gereja Tommaso Rangone menugaskan arkitek Jacopo Sansovino untuk merancang sebuah bangunan depan, yang merangkumi sebuah patung dirinya. Senat menolak cadangan ini, tetapi patung Rangone kemudiannya dipamerkan di bahagian depan gereja San Zulian yang berdekatan.[3] Setelah Sansovino memuktamadkan rancangan gereja, kerja-kerja disambung semula dan bangunannya siap pada tahun 1557. Sansovino dikuburkan di dalam gereja setelah kematiannya pada tahun 1570, dan anak-anaknya Fiorenza dan Francesco kemudian juga dikebumikan bersamanya.[2]

Pelan San Geminiano (kanan) dan rencana dan ketinggian sayap Napoleon Procuratie yang menggantikannya (tengah dan kiri)

After the fall of the Republic of Venice in 1797, the church was used as barracks because of its strategic position at the centre of the city.[2] Ia kemudian diruntuhkan untuk memberi jalan bagi sayap Napoleon Procuratie, dengan pembongkaran bermula pada 19 Mei 1807. Pada ketika ini, karya seni gereja tersebar di antara gereja dan muzium lain,[1] Jenazah Jacopo Sansovino dikembalikan di Seminario della Salute, dan peninggalan St Geminianus yang telah diadakan di gereja dipindahkan ke Nome di Gesù [it].[2]

Pembongkaran gereja telah ditentang oleh banyak artis termasuk Leopoldo Cicognara. Dalam bukunya "Buku Tangan untuk Pengembara di Itali Utara" pada tahun 1842, Sir Francis Palgrave meratapi pembongkaran San Geminiano sebagai "vandalisme Gallic, yang telah menyebabkan kecederaan yang tidak dapat diperbaiki pada seni rupa."[4] Hari ini, laman di mana gereja itu dulu berdiri ditandai dengan tulisan berserta ketinggian fasadnya.[1]