Pada tahun 1571, ahli konvensyen Sepanyol Juan de Salcedo, cucu dari Miguel López de Legazpi, mengasaskan bandar Biñan yang dilampirkan sebagai sebuah barrio ke Tabuco (sekarang, Cabuyao) sambil menjelajahi kawasan Laguna de Bay.

Pada tahun 1688, Biñan, bersama dengan Barrio Bukol (Santa Rosa, sebelum pemisahan dari Biñan) dipisahkan dari Cabuyao. Selepas satu siri penamaan semula, pemisahan barrios menjadi bandar bebas, Barrio Bukol secara politik dibebaskan sebagai perbandaran Santa Rosa. Pekan ini dinamakan semula sebagai Saint Rose of Lima. Perbandaran Santa Rosa didirikan pada 18 Januari 1792.

Semasa zaman revolusioner pada tahun 1898, bandar itu berperanan penting dalam pengisytiharan kemerdekaan Filipina dari Sepanyol apabila ia menandatangani Akta Kemerdekaan pada 12 Jun 1898. Kemudian pada revolusi-perjuangan setempat di bandar itu bertempur bersama pasukan Pío del Pilar semasa pasukan Perang Filipina-Amerika.

Pada 5 Februari 1945, bandar ini ditinggalkan oleh tentera Jepun apabila gerakan pertahanan gerila tempatan, dengan sokongan dari kontingen tentera Amerika dan Filipina, memasuki bandar yang betul, di mana pertempuran, penyeksaan, dan kematian berlaku.

Semasa era pasca perang, sehingga tahun 1970-an, penduduk bandar kebanyakannya bergantung kepada pertanian asas dan perusahaan milik keluarga untuk mata pencarian. Pengaruh industrialisasi perlahan terbentuk pada tahun 1980-an dengan kemasukan pelabur tempatan dan asing yang berperanan dalam transformasi ekonomi dan sosial bandar dan wilayah pesat.