Penubuhan Sekolah Agama Menengah Bestari yang dirancang oleh Bahagian Pendidikan Dan Pembelajaran, Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS) adalah bertujuan memantapkan sistem pendidikan yang menawarkan pelajar Tingkatan Empat dan Lima dalam jurusan Sains dan Teknik sebagai kurikulumnya. Kewujudan sekolah ini diharapkan dapat memenuhi Falsafah dan Matlamat Pendidikan Islam Kementerian Pelajaran Malaysia.

Sekolah ini mula beroperasi mulai 29 Mei 1998 di kawasan seluas 37 hektar. Bermula dengan dua kelas pelajar Tingkatan Lima yang dipindahkan daripada Sekolah Agama Menengah Tengku Ampuan Jemaah (SAMTAJ), Shah Alam, dan sepuluh kelas pelajar Tingkatan Empat yang dipilih daripada seluruh sekolah agama menengah (SAM) negeri Selangor. Jumlah guru dan kakitangan sokongan ketika itu adalah 38 orang. Pengetua yang pertama ialah Ustaz Sholehuddin Bin Kayat. Pada tahun 2000, sekolah ini mula menerima kemasukan pelajar Tingkatan Satu sebanyak dua kelas atas permintaan masyarakat setempat.