Konsep Sekolah Berasrama Penuh Integrasi (SBPI) telah diilhamkan oleh Tan Sri Musa bin Muhammad, pada penghujung tahun 2000 semasa beliau memegang jawatan Menteri Pelajaran Malaysia. SBPI diwujudkan seiring dengan permintaan aliran Sains Agama yang semakin mendapat sambutan daripada ibu bapa pada masa kini. SBPI menawarkan 3 aliran iaitu aliran Sains Tulen, aliran Sains Tulen Agama dan Sains Teknikal.

SBP Integrasi Gombak adalah satu daripada beberapa buah sekolah yang berkonsepkan integrasi dalam arena Sekolah Berasrama Penuh di Malaysia. SBP Integrasi Gombak menempatkan murid-murid yang terpilih dan terletak di Daerah Gombak. Sekolah ini telah beroperasi pentadbirannya pada Disember 2002 dan menerima kemasukan murid ambilan pertama pada 17 Februari 2003. Seramai 162 orang murid telah mendaftar pada hari tersebut yang terdiri daripada 82 orang murid tingkatan 1 dan 80 orang murid tingkatan 4.

Pada hari pertama pendaftaran, hanya seramai 14 orang tenaga pengajar tanpa staf sokongan. Terdapat hanya 7 buah kelas iaitu 4 buah kelas tingkatan 1 dan 3 kelas tingkatan 4, iaitu 1 Bestari, 1 Cendekia, 1 Fikrah, 1 Intelek, 4 Bestari, 4 Cendekia dan 4 Fikrah. Manakala asrama hanya 6 buah kamar putera dan 6 buah kamar puteri.