Sekolah  Kebangsaan Agama (Majlis Islam Sarawak) Bintulu yang pada suatu ketika dahulunya dinamakan Sekolah Rendah Bantuan Agama, Majlis Islam Sarawak Bintulu,  ditubuhkan pada 2 Disember 1992 dengan seramai  4 orang tenaga pengajar (1 orang guru lelaki dan 3 orang guru perempuan)  dan 50 orang murid yang telah menjadi pelopornya.

Di awal penubuhannya, SK (A) Majlis Islam Sarawak, Bintulu belum mempunyai bangunan sendiri.  Bermula dari 02 Disember 1992 hingga penghujung tahun  1994, sekolah ini telah menumpang di bangunan bekas Pusat Latihan Lembaga Kemajuan Bintulu yang terletak di tengah-tengah bandar Bintulu.  Bangunan ini hanya mampu menampung 4 buah bilik darjah, bilik guru, bilik guru besar, bilik setor, dua buah tandas dan bilik dapur itupun setelah diubahsuai.

Pada 01 Ogos 1997, dengan rasminya SK (A) Majlis Islam Sarawak, Bintulu menduduki bangunan tetap di atas bukit bersebelahan dengan Masjid Assyakirin, Jalan Tanjung Kidurong dengan keluasan tapak 9.93 ekar.  Dianggarkan kos berjumlah 3.7 juta ringgit yang mempunyai 23 buah bilik darjah, sebuah Makmal Bahasa, sebuah Makmal Komputer, sebuah Bilik Tayangan/Syarahan, sebuah Pusat Sumber, sebuah bilik Makmal Sains, sebuah Bilik Kemahiran Hidup, sebuah Bilik Muzik, Pejabat Guru, Pejabat Guru Besar, Pejabat Am, Bilik Penolong Kanan, Tandas Guru dan Murid serta sebuah Dewan Perhimpunan.