Pada mulanya Sekolah Kebangsaan Ayer Merah dibuka sebagai sebuah sekolah melayu rakyat Kuala Ayer Merah Machang pada 3 Febuari 1951. Ia telah dibangunkan oleh orang-orang kampung dengan cara bergotong-royong. Pengasasnya En. Harun b. Junoh seorang dukun yang terkenal. Bangunan dibuat daripada kayu-kayu bulat, berdinding buluh beratap sagu dan berlantaikan tanah. Panjangnya 32x16 kaki persegi. Pada tahun 1957 nama sekolah diubah kepada 'Sekolah Umum Rakyat Kuala Ayer Merah' kemudian berubah menjadi 'Sekolah Kebangsaan Rakyat Ayer Merah'. Tahun 1959 bangunannya ditumpangkan di rumah Pengerusi PIBG En. Harun b Junoh untuk sementara waktu.

Dalam tahun 1960 sebuah bangunan tambahan didirikan berhampiran dengan bangunan tersedia, secara bergotong-royong oleh guru-guru Ahli Jawantankuasa Sekolah dan Ibu Bapa. Panjangnya lebih kurang 60'x32' kaki. Bahan-bahan terdiri daripada kayu pepis, dinding papan dan atap sagu.

Pada bulan April 1964, kerajaan membina sebuah bangunan berkeadaan separuh kekal. Panjangnya bangunan ini 180'x20' kaki dengan lantai yang bersimen, berdinding papan dan beratap ardex. Apabila pihak kerajaan mengambil alih jentera pentadbiran sekolah pada bulan Jun 1966, nama sekolah ditukarkan kepada 'Sekolah Kebangsaan Ayer Merah, Machang Kelantan'.

Awal tahun 1983, Sekolah Kebangsaan Ayer Merah menampakkan wajah yang baru tersegam indahnya bagaimana bangunan baru bertingkat dua yang boleh mulai digunakan. Walaupun begitu bangunan lama masih juga diperlukan.

Pada 25 Julai 1986 sekolah ini mendapat peruntukan sebanyak RM50000.00 dibawah projek 'Gotong-royong' oleh Kementerian Pendidikan Malaysia untuk membina sebuah bangunan yang mengandungi 6 bilik darjah dan pada 14 Oktober 1986 bangunan tersebut telah siap dibina dan digunakan.

Sekolah ini terus memberikan sokongan dan bakti dalam usaha memberi pendidikan yang secukupnya untuk kanak-kanak di kawasan Jalan Bukit Bakar.

Pada tahun 1988, sekolah ini telah dipilih menyertai pertandingan sekolah cantik dan pada tahun 1991 sekolah ini telah mendapat johan sekolah tercantik peringkat Negeri Kelantan.