Sekolah Kebangsaan Sena telah ditubuhkan pada 1 Disember 1992. Pada peringkat permulaan, sekolah ini menumpang buat sementara di Sekolah Rendah Kebangsaan Seri Indera pada waktu petang selama 4 tahun. Semasa ditubuhkan, bilangan murid cuma 130 orang yang terdiri daripada Tahun 1 dan 2 sahaja. Hanya terdapat 7 buah kelas yang terlibat iaitu 5 buah kelas untuk Tahun 1 dan 2 buah kelas bagi Tahun 2.

Pada sesi persekolahan 1992/93, terdapat seorang Guru Besar bersama 9 orang guru. Ketika itu, pihak sekolah tidak mempunyai pembantu tadbir yang tetap, sebaliknya mendapat khidmat kerani beredar. Pada 18 September 1995, warga SK Sena mula menduduki bangunan baru dengan bilangan murid meningkat kepada 275 orang iaitu dari Tahun 1 hingga Tahun 4. Ketika itu, Sekolah Kebangsaan Sena mula membangun dengan terdirinya 4 blok bangunan.

Setelah 7 tahun berpindah ke lokasi baru, SK Sena maju setapak lagi dengan adanya blok baru 2 tingkat pada tahun 2002. Di samping itu, terdapat pelbagai kemudahan [2] seperti Makmal Komputer yang lengkap, Bilik Guru yang dilengkapi penyaman udara serta komputer untuk melayari Internet, serta bilik-bilik khas yang lain seperti Bilik Pemulihan Darul Falah, Bengkel Kemahiran Hidup, Bilik Sains, Bilik Tayangan, Pusat Sumber Sekolah, Bilik Bahan Bantu Mengajar, OSSLab (Makmal Penyelidikan dan Latihan Sumber Terbuka), Pusat Akses Matematik dan Studio Penerbitan Audiovisual CyKidzCRAZE.

Pada tahun 2007, SK Sena telah dianugerahkan sebagai Sekolah Harapan Negara Peringkat Negeri Perlis. Bermula daripada itu, warga sekolah terus berusaha ke arah kecemerlangan, dan akhirnya, pada April 2008, SK Sena telah dinobatkan sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan Kementerian Pelajaran Malaysia, dan merupakan satu-satunya sekolah rendah di Negeri Perlis yang berjaya mencapai status tersebut. Kini, Sekolah Kebangsaan Sena maju seiring dengan usianya yang semakin matang. Bilangan murid juga turut bertambah kepada 700 – 800 orang setiap tahun melibatkan 24 buah kelas dan 3 buah kelas Prasekolah.