Terdapat tiga jawatankuasa yang ditubuhkan bagi melaksanakan konsep sekolah kluster. Jawatankuasa tersebut ialah:-

• Jawatankuasa Pemilihan Sekolah dipengerusikan oleh Ketua Pengarah Pelajaran Malaysia;
• Panel Penasihat dipengerusikan oleh Tan Sri Dr. Abdul Rahman Arshad; dan
• Jawatankuasa Pelaksana dipengerusikan oleh Timbalan Ketua Pengarah Pelajaran Malaysia.

Pelaksanaan sekolah kluster adalah berasaskan kepada proses desentralisasi yang melibatkan pengupayaan sekolah menerusi pemberian autonomi terpimpin. Pandangan stakeholder seperti PIBG, Alumi, pemimpin sekolah dan guru turut diambil kira dalam pelaksanaan sekolah kluster. Mereka telah terlibat secara langsung dalam Bengkel Autonomi Sekolah Kluster Kementerian Pelajaran Malaysia yang telah diadakan pada 19-20 Mac 2007. Panel Penasihat Sekolah Kluster pula akan membantu menyumbangkan kepakaran mereka bagi memastikan pelaksanaan sekolah kluster dapat berjalan dengan jayanya.