Pembinaan SM Agama Persekutuan Bentong bermula pada 10 April 2008 dan telah disiapkan pada Oktober 2011 dengan jumlah kos RM56.6 juta. Sekolah ini telah dibina di atas 40 ekar tanah, dibina dengan berinfrastruktur moden. SMAP Bentong telah beroperasi sepenuhnya pada 11 Jun 2012 dengan bantuan guru-guru dan kakitangan terawal (20 oran guru dan 8 orang kakitangan). 11 Jun 2012 ialah salah satu hari bersejarah bagi SMAP Bentong kerana ia merupakan hari pendaftaran bagi kumpulan yang paling awal (EON 99') untuk menyambung pengajian di SM Agama Persekutuan Bentong. Kemudian pada tahun berikutnya, SM Agama Persekutuan Bentong menerima dua lagi kumpulan yang dinamakan sebagai Predominate 1317 dan Valours 1314. Dengan tenaga tiga 'batch' ini, SMAP Bentong telah menerima beberapa anugerah dan sijil sepanjang tahun seperti Program Simposium Antarabangsa SBP, Hari Kecemerlangan Sekolah Berasrama Penuh dan lain-lain. SUPERB semakin giat apabila menerima masuk 2 lagi kumpulan awal iaitu Batch Camaraderie 1418 dan Panthera 1415. Mahallah SMAP Bentong (SUPERB) telah dianugerahkan "Anugerah Platinum" oleh Sekolah Berasrama Penuh (SBP) semasa majlis Hari Kecemerlangan Sekolah Berasrama Penuh (HKSBP) kerana kemampuannya dalam menyediakan asrama yang kondusif, sistematik dan bersih untuk pelajar.