MBSKL telah diasaskan oleh Rev. Dr. William T. Kensett, seorang tentera laut Royal Navy kapal perang HMS Orion. Pada bulan Julai 1897, beliau mempunyai niat untuk mendirikan sebuah gereja dan sekolah bagi masyarakat Tamil di Kuala Lumpur lalu beliau telah meninggalkan Tentera Laut British. Sebuah kedai telah diperolehi di sudut Batu Road dan Java Street, dan sekolah yang didominasi Tamil telah dinamakan sekolah Anglo-Tamil.

Pada tahun 1904, sekolah ini telah dipindahkan ke premis terkini di Bukit Petaling lalu sekolah Anglo-Tamil telah dinamakan semula sebagai Methodist Boys' School Kuala Lumpur oleh Rev William E Horley, nama yang digunakan hingga ke hari ini.

Pada tahun 1954, Kumpulan 1st Kuala Lumpur Boys' Brigade Company telah ditubuhkan di sekolah oleh En. Khoo Oon Soo dan Mr. R.A. Allen. Selepas beberapa tahun yang pertama, 1st KL telah dianjakkan ke Gereja Wesley hanya di pintu sebelah sekolah, manakala sekolah ini menggunakan premis gereja sebagai tempat mesyuarat yang pertama. Kumpulan 1st Kuala Lumpur Boys' Brigade Company ialah kumpulan ketiga tertua di Malaysia, dan ia dikenali disebabkan oleh sejarahnya dalam keputusan pertandingan kugiran, kawad kaki dan Talent Time pada peringkat kebangsaan. Company juga menghasilkan satu koleksi President's Men dan Founder's Men, juga dua Queen's Men.

Pada tahun 1958, sekolah ini telah dibahagikan kepada sekolah menengah (MBSSKL) dan sekolah rendah (MBPSKL) mengikut dasar pendidikan negara pada waktu itu.