Kerja-kerja pembinaannya dijalankan pada Oktober 1999 di atas tapak seluas 20 ekar. Sekolah ini mula menerima pelajar pada 31 Januari 2001. Warga SMK PPP Tun Razak yang sulung terdiri daripada 81 orang pelajar Tingkatan 1, 11 orang guru dan 3 orang kakitangan sokongan. Oleh kerana pembinaan bangunannya belum disiapkan, warga SMK PPP Tun Razak tersebut terpaksa menumpang di SK PPP Tun Razak dan pada 4 Februari 2002, warga SMK PPP Tun Razak berpindah ke sekolah sendiri.

Pada tahun 2003, seramai 106 pelajar sekolah ini telah menduduki peperiksan PMR dan pada tahun 2005 pula seramai 92 orang pelajar sekolah ini menduduki peperiksaan SPM yang pertama. Pada tahun 2005 pula telah dibuka kelas Mata Pelajaran Vokasional (MPV) Menservis Peralatan Penyejukan dan Penyaman Udara. Pada tahun 2003 pembinaan bangunan asrama telah dimulakan dan pada tahun 2006 asrama sekolah ini telah diduduki. Sekolah ini juga mula menempatkan pelajar Kelas Aliran Agama (KAA) sejak tahun 2003.

Pada tahun 2008, sekolah ini telah dijadikan Sekolah Rancangan Khas (FELDA). Ia menempatkan pelajar-pelajar cemerlang dari Rancangan Tanah FELDA daerah Jerantut. Walau bagaimanapun, pelajar-pelajar dari SK PPP Tun Razak dan SK Sungai Tekam masih dibenarkan bersekolah di sekolah ini.Pada 5 April 2013, SMK Pusat Penyelidikan Pertanian Tun Razak telah diiktiraf sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan.