Sekolah Menengah Kebangsaan Presint 16(1) (dahulunya dikenali sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Putrajaya 3) terletak di Presint 16, Wilayah Persekutuan Putrajaya.

Lokasi sekolah ini terletak di kawasan Pusat Pentadbiran Putrajaya. Sekolah ini merupakan sekolah ketiga dibuka di Wilayah Persekutuan Putrajaya dan memulakan operasi pada tanggal 6 Januari 2003. Keluasan SMK Putrajaya 3 ialah kira-kira 12.5 hektar dan mempunyai 6 blok utama.

Pada tahun pertama beroperasi, sekolah ini hanya mempunyai 145 orang murid. Murid yang terlibat ialah pelajar tingkatan satu (3 buah kelas) dan tingkatan 2 (3 buah kelas). Murid-murid ini datangnya dari sekolah di sekitar Wilayah Persekutuan Putrajaya seperti dari Sekolah Kebangsaan Putrajaya 1 dan Sekolah Kebangsaan Putrajaya 2 dan juga murid yang baru berpindah kerana mengikut keluarga yang baru bertugas di Wilayah Persekutuan Putrajaya. Bilangan guru pada tahun tersebut ialah seramai 25 orang dan staf sokongan seramai 7 orang. Kelas tingkatan empat bermula pada tahun 2004 dengan bilangan murid seramai 69 orang. Terdapat dua kelas sains dan teknologi dan satu kelas sastera.

Kini bilangan kelas pada tahun 2007 telah bertambah sebanyak 23 kelas. Tingkatan 1 hingga tingkatan 3 terdapat 15 kelas, tingkatan 4 dan tingkatan 5 terdapat 8 kelas dengan jumlah murid 677 orang murid (Ogos 2007). Bilangan guru adalah seramai 62 orang dan staf sokongan seramai 17 orang.

Pencapaian pertama sekolah ini ialah dalam peperiksaan PMR pada tahun 2004 iaitu seramai 8 orang murid telah berjaya mendapat 8A daripada 80 orang calon dengan peratus kelulusan ialah 84.62 peratus.

Lagu Sekolah

SEKOLAHKU TERCINTA

SMK PP ENAM BELAS SATU

MEMBINA GENERASI ALAF BARU

BERDIRI MEGAH DISINARI CAHAYA

LAHIR INSAN BERILMU BERIMAN BERJAYA

.

KORUS

BERWAWASAN BERILMU BERBAKTI

ITULAH TERAS UNGGUL PEGANGAN KAMI

MENJUNJUNG MEGAH ASPIRASI NEGARA

SETIA MEMBELA NUSA DAN BANGSA

.

SMK PP ENAM BELAS SATU

MEMBINA GENERASI ALAF BARU

WARGA BERSATU HATI BERSEMANGAT WAJA

MAJULAH SEKOLAH KU SEKOLAH TERCINTA