SMK Sepagaya ditubuhkan pada tahun 1990 . SMK Sepagaya mula dibuka pada tahun 1998. Nama Sepagaya diambil daripada bahasa Idahan yang membawa maksud banjir besar. Satu ketika dahulu berlaku banjir besar dikawasan ini. Oleh sebab itu, nama ini diambil untuk dijadikan nama sekolah. Pada peringkat awal, sekolah ini telah menumpang di blok sekolah di Sekolah Menengah Kebangsaan Agaseh untuk seketika sehingga bangunan sekolah siap sepenuhnya pada tahun 1998.

Terdapat sebanyak 4 blok akademik yang digunakan untuk pengajaran dan pembelajaran. Selain itu, terdapat juga sebuah makmal komputer, dewan sekolah, 2 flet guru, 2 blok asrama, sebuah makmal Seni Reka Tanda yang baru mula beroperasi sepenuhnya pada tahun ini ( 2012 ). Masih dalam pembinaan ketika ini adalah sebuah bilik guru yang dijangka siap sepenuhnya pada tahun hadapan ( 2013 ).