SMK Seri Bera mempunyai empat kelas bagi setiap tingkatan iaitu Ibnu Sina, Ibnu Rusyd, Hamka dan Za'ba.

Menengah Rendah

Ibnu Sina - 9 Subjek (Teras + Bahasa Arab Komunikasi)

Ibnu Rusyd - 9 Subjek (Teras + Bahasa Arab Komunikasi)

Hamka - 8 Subjek Teras

Za'ba - 8 Subjek Teras

Menengah Atas

Ibnu Sina - Sains Tulen Agama

Ibnu Rusyd - Sains Tulen

Hamka - Perakaunan (dibuka mulai 2010)

Za'ba - Perdagangan (dibuka mulai 2010)

Pada tahun 2005, hanya terdapat satu kelas tingkatan 5 iaitu kelas Sains Tulen (5 Ibnu Sina) manakala dua kelas tingkatan 4 iaitu kelas 4 Ibnu Sina (Sains Tulen) dan 4 Ibnu Rusyd (Sains Teknikal). Mulai 2007, kelas menengah atas mengambil bidang Sains Tulen + bahasa Arab Tinggi dan Sains Tulen + Pendidikan Seni Visual. Manakala mulai 2009, baharulah kelas Sains Tulen Agama diwujudkan.