Pembinaan sekolah ini telah dimulakan pada tahun 2002 dan ia mula dibuka secara rasmi pada 19 Mac, 2006. Pada mulanya, nama sekolah ini dicadangkan sebagai Sekolah Menengah Kebangsaan Payong Jaya. Akan tetapi, setelah berbincang dengan beberapa pihak, nama Sekolah Menengah Kebangsaan Seri Payong akhirnya dipilih.

Bangunan sekolah

SMK Seri Payung memiliki 6 buah blok bangunan akedemik, sebuah bangunan surau dan kantin.