Mula ditubuhkan pada 1 Januari 1965 dengan nama Sekolah Aneka Jurusan.
Sebelum tahun 1966, para pelajar sekolah ini menumpang di SK Pasir Puteh (L). Pada masa itu, para pelajar seramai 273 orang, guru seramai 13 orang dengan 7 buah bilik darjah.
Pada 15 Oktober 1966, bangunan sekolah baru di Kampung Kelubi, Jalan Pasir Puteh – Kota Baru telah dirasmikan oleh Menteri Pelajaran Malaysia, Encik Mohamed Khir Johari dan diberi nama Sekolah Menengah Rendah Pasir Puteh.
Pada 1967, pelajar sekolah ini mula mengambil peperiksaan Sijil Rendah Pelajaran (SRP).
Pada 1973, pelajar mula mengambil Sijil Pelajaran Malaysia (SPM).
Pada 17 Mac 1974, nama sekolah ini ditukar kepada nama Sekolah Menengah Tok Janggut mengambil nama sempena nama pejuang tempatan yang menentang Inggeris iaitu Haji Hassan bin Panglima Mat Munas yang juga dikenali dengan nama Tok Janggut. Perasmian nama baru sekolah ini telah dilakukan oleh Menteri Besar Kelantan, Dato’ Mohamad Bin Yaacob.
Pada 1986, pelajar mula mengambil peperiksaan Sijil Tinggi Pelajaran (STP).
Pada tahun 1986 juga, pengambilan pelajar aliran sains seramai 32 orang bermula.
Pada 1 Januari 1998, sekolah ini ditukar nama kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Tok Janggut selaras dengan peraturan Kementerian Pendidikan Malaysia.
