Sekolah Menengah Sains Miri ditubuhkan pada 1 Januari 1990 dan ianya merupakan sekolah berasrama penuh yang pertama di Sarawak. Kemasukan pertama pelajar ialah bagi tingkatan satu, empat dan enam bawah. Sementara itu, pada mulanya hanya terdapat lima orang guru termasuk pengetua namun diikuti oleh 13 orang guru pada bulan seterusnya. Pada tahun 1995, pengambilan pelajar tingkatan enam bawah telah dihentikan dan digantikan dengan pengambilan pelajar bagi Matrikulasi Universiti Kebangsaan Malaysia seramai 26 orang sebelum kolej matrikulasi dibina di Labuan. Walau bagaimanapun, program matrikulasi tersebut telah dihentikan pada tahun 2000 setelah diambil alih oleh Kementerian Pendidikan Malaysia.