Sekolah Menengah Sains Muzaffar Syah (Tulisan Jawi: سكوله منڠه ساءين س موزففر شه; MOZAC) merupakan satu-satunya sekolah menengah sains dan satu daripada dua buah Sekolah Berasrama Penuh (SBP) di negeri Melaka. Ditubuhkan pada tahun 1973 di bawah Rancangan Malaysia ke-2, ia ialah sekolah berasrama penuh pertama di Melaka. Sekolah ini dikenali sebagai MOZAC dan para pelajar digelar Muzaffarians. Pada tahun 2010, sekolah ini telah dianugerahkan dengan gelaran tertinggi iaitu Sekolah Berprestasi Tinggi (SBT)[2] yang diberikan kepada 20 buah sekolah di Malaysia yang telah memenuhi kriteria ketat termasuk pencapaian akademik, sokongan alumni, pengiktirafan antarabangsa, rangkaian dan hubungan. Sekolah ini dikhususkan untuk pembangunan teknologi hijau, pertanian, robotik dan elektronik.[3] Sekolah ini juga merupakan ahli kepada Perikatan Pendidikan Strategik Asia Tenggara.[4]