Sekolah Menengah Sains Pasir Puteh (SCIPP) telah dibuka pada 01 Januari 1998 merupakan sebuah Sekolah Berasrama Penuh yang ketiga di negeri Kelantan dan Sekolah Berasrama Penuh Puteri yang pertama di Pantai Timur Semenanjung Malaysia.
Kampus SCIPP terletak kira-kira 37 km dari Kota Bharu dan 7 km dari Bandar Pasir Puteh menjadikan sebuah institusi yang jauh dan damai dari kesibukan kota. Sangat kondusif dari segi kedudukannya sebagai sebuah institusi pendidikan puteri.
Sekolah ini juga terletak di atas tapak seluas 18.6 hektar ( 62 ekar) merupakan sebuah sekolah yang mempunyai keluasan yang sangat besar menyebabkan sekolah ini seakan-akan menyamai sebuah kolej / kampus jika dilihat dari jauh.
Pada masa ini tapak seluas 18.6 hektar itu menampung tiga blok bangunan sekolah iaitu blok Ilmu,blok Amal dan blok Gemilang yang menempatkan bilik darjah dan pusat pentadbiran, empat blok asrama;Arif(rumah biru),Bestari(rumah kuning),Cekal(rumah merah)dan Dinamik(rumah hijau),Dewan Selera Srikandi (Dewan Makan),bengkel Kemahiran Hidup, bangunan Musalla Rabiatul Adawiyah, Makmal Komputer, Makmal Sains, Dewan Sri Gemilang(Dewan Besar), kantin, 2 buah balai serba guna,bangunan Koperasi Sekolah, Taman Herba Wetlands, Taman Refleksi, 15 unit kuaters guru dan 6 unit kuaters pekerja serta sebuah dusun buah-buahan.Setiap tingkatan mempunyai 5 kelas yang dinamakan bersempena srikandi-srikandi Islam;Aisyah,Balqis,Fatimah,Hajar dan Khadijah.Kelas Aisyah menempatkan pelajar-pelajar yang menduduki ranking 30 teratas dalam peperiksaan akhir tahun,PT3 atau Peperiksaan Diagnostik SBP.
Kemudahan-kemudahan sukan seperti gelanggang bola keranjang, badminton, tenis, bola tampar, squash dan petanque serta tiga buah padang permainan untuk hoki, bola jaring, bola baling dan trak 400 meter olahraga, sebuah astaka dan stor sukan.
Seperti 68 buah Sekolah Berasrama Penuh lain di Malaysia,SCIPP juga dibekalkan dengan tiga buah kenderaan untuk keperluan pelajar dan sekolah iaitu sebuah bas, coaster dan van. Pada tahun telah menerima sebuah bas sumbangan individu, bapa murid sekolah ini telah berjaya – 2 buah bas.
Pada tahun 1999 iaitu selepas lebih kurang setahun penubuhannya, SCIPP telah dipilih sebagai salah sebuah sekolah daripada 88 buah sekolah di seluruh Negara untuk menjalani program Projek Rintis Sekolah Bestari.
Sekolah Menengah Sains Pasir Puteh mula menerima pelajar sulung seramai 250 orang dalam tingkatan satu dan tingkatan empat pada 4 Mac 1998. Pemilihan pelajar adalah berdasarkan pencapaian cemerlang UPSR dan PMR.
Kumpulan pertama pelajar SMSPP yang menduduki peperiksaan SPM adalah pada tahun 1999. Jumlah calon pada masa itu ialah 119 orang. Puteri-puteri sulung ini berjaya mencatat kelulusan 100% lulus. Kumpulan perintis PMR pula adalah pada tahun 2000 dengan jumlah calon seramai 157 orang. Kumpulan ini berjaya mencatat kelulusan 100% lulus. Seramai 60 orang berjaya mencapai 8A dan 76 orang lulus 7A.
Sehingga kini setelah 19 tahun ditubuhkan, SCIPPP telah berkembang selari dengan perkembangan dunia pendidikan. Banyak kejayaan yang telah digarap dan dicapai oleh SCIPP baik dalam bidang akademik, kokurikulum dan sahsiah murid. Kejayaan-kejayaan itu bukan saja melibatkan pencapaian di peringkat nasional malah juga sampai ke peringkat antarabangsa.
Justeru kejayaan-kejayaan dan kecemerlangan yang diperolehi oleh SCIPP pada awal-awal dekad kedua penubuhannya ini maka pada tahun 2011 SCIPP telah mendapat pengiktirafan sebagai Sekolah Kluster Kecemerlangan (SKK) Fasa 5. Mudah-mudahan dengan usaha semua pihak, adalah diharapkan selepas ini SCIPP mengangkat tarafnya kepada Sekolah Berprestasi Tinggi (SBT) pula. Sebagai menghargai sumbangan pengetua yang menjadi tunjang kepada kejayaan sekolah, maka SCIPP juga berjaya menerima Pengiktirafan Tawaran Baru kepada Pengetua dan Guru Besar melalui Bidang Keberhasilan Negara (NKRA) Pendidikan bagi tahun 2010 dan 2011.
