Secara geologi, Madagascar berada pada pulau yang terpisah dari benua utama Afrika. Pertama kali terpisah dari anak benua India, pulau ini bergerak makin mendekati benua itu. Pulau ini adalah daratan tua, sama seperti Australia, sehingga tanahnya kahat bahan mineral akibat tiada aktiviti volkano. Kebanyakan tanahnya berwarna merah, menunjukkan keadaan tanah yang telah melapuk.

Akibat isolasi ratusan juta tahun tersebut, flora dan fauna Madagascar sangat khas dan banyak spesies endemik ditemui di sana. Keadaan ini seakan-akan terjadi kepada Pulau Sulawesi.