Christian Shank, seorang pendatang dari Jerman, membina sebuah kabin di Stony Creek pada tahun 1798, kemudian membina sebuah kilang biji-bijian dan dua kilang gergaji di perkarangan kabin itu. Emmanuel Shaffer membuka sebuah stor di tapak itu 1828, dan pada tahun berikutnya, Shank mengasaskan pekan Shanksville. Pejabat pos Shanksville dibuka pada tahun 1874. Shanksville diperbadankan sebagai boro pada 25 Januari 1913.[2]

Pada 11 September 2001, ketika serangan pengganas ke atas Amerika Syarikat, Penerbangan 93 Amerika Syarikat terhempas di sebuah padang di Perbandaran Stonycreek, 1.75 batu (2.82 km) di utara pekan Shanksville. Perampas berniat untuk menghempaskan pesawat itu di Washington, D.C. untuk menghancurkan Kapitol atau Rumah Putih.[3]