Filem Shinjuku Incident mengisahkan tentang Steelhead seorang tukang perbaiki dari China yang pergi ke Jepun untuk mencari kekasihnya iaitu Xiu Xiu. Kekasihnya tiba-tiba saja menghilang tanpa ada khabar berita. Ketika sampai di Jepun, Steelhead kecewa kerana yang ia dapati tidak sesuai harapan awal.

Di Jepun, Steelhead baru mengetahui bahawa orang-orang dari China yang ada di negara itu hidup tersisih dari masyarakat Jepun. Mereka hidup dalam persembunyian kerana takut akan ditangkap dan dihantar balik ke China. Kerana tak ada pilihan lain, Steelhead terpaksa bertahan hidup di Shinjuku dengan bekerja sebagai pekerja buruh.

Tidak lama selepas itu, Steelhead berjaya menjumpai Xiu Xiu, namun Xiu Xiu sudah menukar namanya dan akan berkahwin dengan Eguichi yang merupakan seorang pemimpin Yakuza di daerah tersebut. Steelhead berusaha untuk berjumpa dengan Eguichi sehingga mendapatkan kepercayaan daripada bos Yakuza tersebut. Kerana bantuan Steelhead, Eguichi akhirnya berjaya menyingkirkan saingannya dan memegang kuasa sebagai pemimpin Yakuza. Sebagai ucapan rasa terima kasih, Eguichi memberikan wilayah Shinjuku untuk Steelhead.

Terjerumus di dalam daerah kejahatan, membuatkan Steelhead mula rasa selesa dalam kedudukan tersebut dan susah untuk keluar dari lubang kejahatan. Steelhead cuba membuat usaha yang menurut undang-undang. Dia tidak mahu lagi melakukan perkara-perkara yang jahat dan dia juga tidak menggunakan statusnya sebagai pemegang kuasa di daerah itu sebagai Keuntungan.