Arkib ini telah diasaskan oleh Misbach Yusa Biran, pengarah filem bertukar pendokumen dan Asrul Sani, penulis skrip, pada 20 Oktober 1975;[4][7] Biran sebelum ini telah menubuhkan sebuah pusat dokumentasi di Pusat Seni Jakarta pada akhir 1970 selepas mencatatkan bahawa banyak filem-filem Indonesia telah hilang, dan dokumentasi pawagam di negara ini yang kurang.[3][8] Beliau mendasarkan Sinematek pada arkib yang telah dilihat beliau di Belanda,[3] manakala nama itu diambil daripada Cinémathèque Française di Paris.[2]

Projek ini mendapat restu daripada Gabenor Jakarta Ali Sadikin, yang juga membantu pusat itu menerima pembiayaan daripada Kementerian Penerangan. Ia menjadi arkib filem pertama di Asia Tenggara[3] dan terus menjadi satu-satunya arkib sepertinya di Indonesia.[5] Koleksinya datang sebahagiannya daripada derma dan sebahagiannya daripada pembelian, sama ada secara langsung daripada penerbit atau yang terpakai daripada pemilik teater mudah alih.[1] Ia menyertai Persekutuan Antarabangsa Arkib Filem (Fédération Internationale des Archives du Film, atau FIAF) pada tahun 1977.[6]

Sinematek menjadi sebahagian daripada Yayasan Usmar Ismail pada tahun 1995.[3] Pada tahun 2001, kerajaan pusat Indonesia melarang semua organisasi bukan keuntungan, termasuk arkib, daripada menerima dana kerajaan.[5] Dana asing juga sudah tidak diterima.[3] Hal ini menyebabkan Sinematek kekurangan dana[5] dan keahlian FIAF yang terancam. Arkib ini hanya menerima Rp 17 juta (AS $ 2,000) setiap bulan daripada Yayasan Pusat Filem dan Pengurusan Filem Nasional.[1] Pekerjaan di pusat menjadi perlahan sehingga Biran menyifatkannya telah jatuh koma.[3]

Sehingga 2012, Sinematek terus kekurangan dana; daripada anggaran Rp 320 juta (AS $ 35,000) yang perlu untuk menjalankan arkib dengan cekap, ia hanya menerima Rp 48 juta.[9] 17 pekerjanya dibayar di bawah Rp 1 juta sebulan (kira-kira US $ 120). Hasilnya, kerja-kerja penyelenggaraan yang perlu tidak dilakukan.[3] Bilik penyimpanan bawah tanah mempunyai pencahayaan yang tidak betul dan telah diliputi kulapuk di beberapa tempat.[5] Walau bagaimanapun, ia mempunyai suhu yang betul dan kawalan kelembapan yang sewajarnya.[4] Walaupun kerajaan Indonesia telah memperuntukkan dana untuk membina sebuah bangunan baru, pekerja arkib percaya bahawa dana tersebut sia-sia sahaja kecuali pembiayaan juga disediakan untuk kerja-kerja penyelenggaraan.[6]

Walaupun usaha-usaha pemulihan pada karya-karya seperti filem Usmar Ismail Lewat Djam Malam (1954) berjaya – sebelum pemulihan filem itu, ia mempunyai hingar dan penyahwarnaan – pembiayaan dan kerja adalah sepenuhnya daripada institusi asing.[5][10] Pusat ini juga telah meminta dengan jayanya agar filem Ismail Tiga Dara (1958) dipulihkan di Belanda.[9] Untuk memperingati keluaran semula teater Lewat Djam Malam pada Jun 2012, Sinematek memulakan program Sahabat Sinematek untuk menggalakkan dokumentasi dan pemulihan karya Indonesia.[10]