Tidak berupaya memujuk Canning dan sekutu-sekutu Canning menyertainya, pentadbiran Perceval terkenal khususnya kerana tidak merangkumi kebanyakan negarawan yang penting pada zaman itu. Beliau terpaksa bertindak sebagai Canselor sendiri selepas menerima enam penolakan untuk jawatan tersebut. Kerajaannya kekadangnya menghadapi keadaan yang susah payah dalam Dewan Rakyat, dengan usul-usul yang genting tentang kedua-dua dasar luar negeri dan ekonomi ditewaskan. Walaupun demikian, Perceval tidak berganjak dan masih menentang sebarang reformasi sistem pengundian.

Tambahan lagi, Perceval juga terpaksa menghadapi kemerosotan kesihatan Raja George III yang gering kuat akibat penyakit gila. Walaupun beliau berasa risau bahawa Pemangku Raja akan menyingkirkan kerajaannya, putera itu melepaskan sokongannya kepada Parti Whig dan mengesahkan Perceval dalam jawatannya. Percubaan-percubaan kemudian oleh putera itu untuk memujuk orang-orang lain supaya menyertai Kementerian Perceval tidak berhasil. Perceval mengejar Perang Semenanjung dengan gigih dan selalu mempertahankannya terhadap mereka yang meramalkan kekalahan.