Biara São Bento da Avé Maria yang telah dirobohkan pada tahun 1892; stesen itu kemudiannya dibina di tapak iniPenggalian, pereputan bandar dan tapak pembinaan di São Bento Senja, ketika kereta api pertama tiba di stesen São Bento sementara pada tahun 1896 Bahagian dalam stesen yang telah siap

Seawal tahun 1864, Guia Histórico do Viajante do Porto e Arredores (Panduan Bersejarah untuk Pengembara ke Porto dan Sekitarnya) menyiratkan niat untuk membina stesen pusat yang terletak di Palacette of the Quinta do Cirne (Campo 24 de Agosto).[5]

Pada tahun 1887, José Maria Ferreira dan António Júlio Machado, aldermen, menyampaikan kepada majlis perbandaran projek untuk Stesen Sentral di Porto, yang dihuraikan oleh Hippolyte de Bare.[5] Pada tahun berikutnya, Emídio Navarro, Menteri Kerja Raya, membenarkan pembinaan landasan kereta api antara Campanhã dan stesen pusat untuk dibina berhampiran Praça de D. Pedro.[5]

Akhirnya diputuskan untuk membina stesen di tapak Benediktin Biara São Bento da Avé Maria, yang telah diperintahkan dibina oleh Raja Manuel I dari Portugal pada tahun 1518.[5] Bangunan itu telah menjadi biara sehingga ia musnah akibat kebakaran pada tahun 1783 dan kemudiannya dibina semula untuk digunakan sebagai biara. Ia berada dalam keadaan rosak menjelang 1892 apabila biarawati terakhir meninggal dunia dan dirobohkan pada tahun itu.[5][1]

Menjelang tahun 1890, kerja-kerja pembinaan terowong telah dijalankan dan siap pada tahun 1893.[5] Kereta api pertama tiba di lokasi ini (sebelum bangunan semasa dibina) pada tahun 1896.[5] Tetapi, pada tahun 1897, berlaku tanah runtuh di pembukaan terowong di pinggir selatan stesen.[5] Kerja-kerja awal di stesen yang dirancang di sepanjang sudut Praca Almeida Garret dan Rua da Madeira bermula pada tahun 1900. Batu asas itu diletakkan oleh Raja D. Carlos I.[5]

Projek reka bentuk/bina telah diamanahkan kepada arkitek Porto José Marques da Silva, yang reka bentuknya dipengaruhi oleh Perancis seni bina Beaux-Arts.[5] Dia menunjukkan lukisan konsep pertama kepada pihak berkuasa pada Mei 1897 dan menerima kontrak pada September 1899, dengan bayaran penuh. Dia menyemak semula konsep itu beberapa kali semasa perbincangan dengan kakitangan Kerja Raya di Dewan Bandaraya sebelum menyelesaikan reka bentuk akhir, bentuk U yang menghadap ke Praça Almeida Garrett (Dataran Almeida Garrett). Pada tahun 1901, suruhanjaya pentadbiran untuk kereta api memperluaskan konsep itu untuk turut memasukkan stesen pos.[5]

Projek ini telah diluluskan pada tahun 1903, dan pembinaan bangunan stesen sebenar bermula pada tahun berikutnya.[5] Bandar ini tidak berpuas hati dengan kerja selama bertahun-tahun dan mengeluarkan da Silva daripada projek itu pada tahun 1909.[6] Pelbagai kelewatan menyebabkan jumlah projek (struktur dan hiasan dalaman) memakan masa selama 13 tahun.

Pada September 1988, pelan telah diberi kuasa untuk menyenaraikan harta pusaka.[5] Langkah pertama untuk mengubah suai tapak bermula pada tahun 1992, dengan kerja pada fasad dan pemulihan kotak dan siling; ini termasuk kerja pada pencahayaan dalaman dan luaran.[5]

Pada Oktober 2016, Porto Vivo-Sociedade de Reabilitação Urbana mengarahkan supaya kerja awam dalam membina asrama di muka depan sisi stesen perlu dihentikan sehingga permohonan rasmi untuk mendapatkan lesen diperoleh.[5] Syarikat yang bertanggungjawab untuk pemasangan ialah F2IS - Consultadora e Gestão de Projectos, yang akhirnya menyerahkan permohonan pada 17 Oktober.[5] Kerja telah siap dan perniagaan beroperasi sebagai "Asrama Penumpang".[7]