Selepas meletak jawatan sebagai presiden, Suharto kembali ke kediaman keluarganya di Menteng, Jakarta yang dilindungi oleh tentera dan jarang membuat penampilan umum. Keluarga Suharto menghabiskan banyak masa untuk meneliti siasatan rasuah. Walau bagaimanapun, Suharto sendiri dilindungi dari pendakwaan yang serius oleh ahli politik yang berhutang kedudukan mereka kepada bekas presiden, seperti yang ditunjukkan dalam perbualan telefon yang bocor antara Presiden Habibie dan Peguam Negara Andi Muhammad Ghalib pada Februari 1999.[105]

Pada Mei 1999, Time Asia menganggarkan kekayaan keluarga Suharto pada wang tunai, saham, aset korporat, hartanah, barang kemas dan seni halus AS$15 bilion. Suharto menyaman majalah itu mencari lebih daripada $27 bilion kerosakan untuk dakwaan atas artikel itu.[106] Pada 10 September 2007, Mahkamah Agung Indonesia menganugerahkan ganti rugi Suharto terhadap majalah Time Asia, memerintahkannya membayarnya satu trilion rupiah ($ 128.59 juta). Mahkamah Tinggi membatalkan keputusan mahkamah rayuan dan mahkamah daerah Jakarta Pusat (dibuat pada tahun 2000 dan 2001).

Suharto diletakkan tertinggi dalam senarai pemimpin korup Transparency International dengan dakwaan penyelewengan antara AS $ 15-35 bilion semasa jawatan presiden 32 tahun.[10][85]

Pada 29 Mei 2000, Suharto diletakkan di bawah tahanan rumah apabila pihak berkuasa Indonesia mula menyiasat rasuah semasa jawatan presidennya. Pada Julai 2000, terdapat pengumuman bahawa beliau akan dituduh menggelapkan sumbangan kerajaan AS $ 571 juta kepada salah satu daripada beberapa asas di bawah kawalannya dan kemudian menggunakan wang itu untuk membiayai pelaburan keluarga. Namun, pada bulan September doktor yang dilantik oleh mahkamah mengumumkan bahawa beliau tidak dapat dibicarakan kerana kesihatannya yang merosot. Pendakwa raya membuat percubaan dakwaan sekali lagi pada tahun 2002 tetapi doktor mendiagnos bahawa Suharto menghidap penyakit otak yang tidak ditentukan. Pada 26 Mac 2008, hakim mahkamah sivil membebaskan Suharto daripada rasuah tetapi mengarahkan yayasan amalnya, Supersemar, untuk membayar USD 110 juta (GBP55 juta).[107]

Pada 2002, anak lelaki Suharto Tommy dijatuhi hukuman penjara 15 tahun kerana memerintahkan pembunuhan seorang hakim (yang pernah menuduhnya atas kesalahan rasuah), memiliki senjata haram dan melarikan diri dari keadilan. Pada tahun 2006, beliau dibebaskan atas "pembebasan bersyarat".[108]

Pada tahun 2003, abang tiri Soeharto iaitu Probosutedjo telah dibicarakan dan disabitkan kesalahan kerana rasuah dan kehilangan $ 10 juta dari negara Indonesia. Probosutedjo dijatuhi hukuman empat tahun penjara. Beliau kemudian memenangi pengurangan hukumannya selama dua tahun, memulakan siasatan oleh Suruhanjaya Pembasmian Rasuah Indonesia ke dalam skandal dakwaan "mafia kehakiman" yang menemui tawaran $ 600,000 kepada pelbagai hakim. Probosutedjo mengakui skim itu pada Oktober 2005, yang membawa kepada penangkapan peguamnya. Tempohnya selama empat tahun penuh dikembalikan semula. Selepas kebuntuan singkat di sebuah hospital, di mana beliau dilaporkan dilindungi oleh sekumpulan pegawai polis, beliau ditangkap pada 30 November 2005.[petikan diperlukan]

Pada 9 Julai 2007, pendakwa Indonesia memfailkan tuntutan sivil terhadap bekas Presiden Suharto, untuk mendapatkan semula dana negara (USD440 juta atau GBP219 juta, yang didakwa hilang dari dana biasiswa, dan tambahan $ 1.1 bilion ganti rugi).[109]

Krisis kesihatan

Selepas meletak jawatan presiden, Suharto dimasukkan ke hospital berulang kali akibat masalah angin ahmar, jantung, dan usus. Kemerosotan kesihatan beliau menghalang percubaan untuk mendakwanya dan peguamnya berjaya mendakwa bahawa keadaannya menyebabkan beliau tidak layak untuk dibicarakan. Selain itu, terdapat sedikit sokongan di Indonesia atas sebarang cubaan mendakwa beliau. Pada 2006, Peguam Negara Abdurrahman mengumumkan bahawa satu pasukan dua puluh doktor akan diminta menilai kesihatan dan kecergasan Suharto untuk perbicaraan. Seorang doktor, Brigadier-Jeneral Dr Marjo Subiandono, menyatakan keraguannya dengan menyatakan bahawa "[Suharto] mempunyai dua kecacatan serebrum kekal."[110] Dalam laporan Financial Times kemudiannya, Peguam Negara Abdurrahman membincangkan pemeriksaan semula, dan menyebutnya sebagai "peluang terakhir" untuk mendakwa Suharto secara kejam. Peguam Negara Abdurrahman membuka peluang untuk memfailkan saman terhadap harta pusaka Suharto."[111]

Kematian

Suharto menyahut seruan Illahi pada 27 Januari 2008 jam 13.10 waktu Indonesia bahagian Barat,[112][113] setelah terlantar sakit dan disorong tarik ke bilik rawatan rapi di Hospital Pusat Pertamina di Jakarta Selatan. Jantung, paru-paru dan ginjal gagal berfungsi dan pernafasan Allahyarham bergantung sepenuhnya kepada mesin bantuan.[114] Sebagai menghormatinya, Susilo Bambang Yudhoyono mengumumkan Indonesia berkabung selama 7 hari.[115][116]

Pemimpin-pemimpin dan rakyat Malaysia amat menghormatinya kerana Allahyarham ialah satu-satunya pemimpin Indonesia yang berjaya menamatkan gerakan Ganyang Malaysia yang dilancarkan oleh Sukarno.[117] Sebagai menghargai jasa Allahyarham, turut hadir dimajlis pengkebumiannya ialah bekas Perdana Menteri Malaysia, Tun Dr. Mahathir Mohamad serta Timbalan Perdana Menteri, Dato' Seri Najib Tun Razak. Bagi Mahathir, Allahyarham merupakan sahabat baiknya dan kehilangan beliau amat sukar dicari ganti. Sebagai memperingati pemergiannya, sebuah rancangan FELDA di Selangor telah diabadikan sebagai Felda Suharto sempena lawatan Allahyarham ke rancangan tersebut pada tahun 1977, 12 tahun selepas konfrontasi.[118][119][120][121]