Sukan Malaysia dikonsepkan oleh Yang Berhormat Dato Seri Anwar Ibrahim, Menteri Kebudayaan, Belia dan Sukan pada tahun 1983. Rasional yang dicadangkan adalah sebuah temasya sukan peringkat kebangsaan akan bantu mempertingkatkan mutu sukan, melahirkan dan menggalakkan penyertaan atlet di peringkat negeri dalam sukan, mempertingkatkan prestasi pegawai, menggalakkan pembinaan kemudahan-kemudahan sukan yang baru serta menaikkan taraf kemudahan-kemudahan yang sedia ada di peringkat negeri dan memupuk semangat integrasi nasional dalam kalangan masyarakat Malaysia. Pada mulanya, temasya pertama dicadangkan untuk diadakan dari 15 Ogos hingga 2 September 1985 dan hanya terdiri daripada 6 sukan seperti tennis, ping pong, lumba basikal, olahraga dan bola tampar. Namun, sebuah cadangan baru untuk melibatkan lebih banyak bilangan sukan telah dihantar oleh orang awam kepada dan diterima oleh Majlis Sukan Negara Malaysia yang membuat keputusan untuk menganjurkan temasya sukan setiap dua tahun mulai tahun 1986 dan berselang seli dengan sukan Asia Tenggara.[1]

Sukan Malaysia pertama telah diadakan di Kuala Lumpur dari 19–26 April 1986, disertai oleh 3849 atlet dari 13 negeri Malaysia, Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Majlis Sukan Universiti Malaysia (MASUM), Polis Diraja Malaysia dan Angkatan Tentera Malaysia (ATM). Sukan Malaysia yang ketiga diadakan di Sarawak pada tahun 1990, menjadikannya kali pertama temasya diadakan di negeri tersebut dan kali pertama di Malaysia Timur.

Di Sukan Malaysia ke-6 di Pahang pada tahun 1996, Brunei, Labuan dan Majlis Sukan Sekolah-Sekolah Malaysia membuat penampilan mereka buat kali pertama, manakala Angkatan Tentera Malaysia berhenti menyertai kejohanan tersebut dan Northern Territory Australia hanya menyertai Sukan Malaysia ke-9 di Sabah pada tahun 2002. Di Sukan Malaysia ke-10 pada tahun 2004 di Negeri Sembilan, kedua-dua Majlis Sukan Sekolah-Sekolah dan Majlis Sukan Universiti berhenti menyertai kejohanan tersebut. Di Sukan Malaysia ke-11 pada tahun 2006 di Kedah, kedua-dua pasukan Kuala Lumpur dan Labuan bergabung menjadi pasukan Wilayah Persekutuan berikutan penggabungan pentadbiran Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur, Putrajaya dan Labuan sementara Polis menyertai kejohanan tersebut buat kali yang terakhir.

Suatu keputusan telah dibuat oleh Majlis Sukan Negara pada 27hb Mei 2010 untuk menganjurkan temasya sukan tersebut setiap tahun mulai tahun 2011 dalam usaha untuk membangunkan dan mendemokrasikan semua sukan di Malaysia terutamanya sukan pilihan. Temasya Sukan tahun ganjil diadakan di Kuala Lumpur oleh Majlis Sukan Negara Malaysia dan melibatkan acara sukan pilihan sahaja, sementara temasya Sukan tahun genap diadakan di negeri-negeri anggota dalam negara dan melibatkan sukan teras sahaja. Temasya sukan tahun ganjil bagaimanapun telah dibatalkan oleh Majlis Sukan Negara pada tahun 2015, atas sebab agenda sukan negeri yang padat dan kos tinggi buat Majlis Sukan Negeri untuk membiayai sebuah kontingen Sukan Malaysia setiap tahun.