Sultan Ibrahim telah mengahwini Raja Zarith Sofiah, puteri kepada Sultan Idris Shah II dari Perak pada tahun 1982.[15][16] Mereka mempunyai 6 orang anakanda iaitu:

• Tunku Ismail Idris Abdul Majid Abu Bakar Iskandar (diputerakan pada (1984-06-30)30 Jun 1984). Baginda telah dilantik sebagai Raja Muda Johor oleh nendanya, Sultan Iskandar[17] dan menjadi Tunku Mahkota ketika zaman pemerintahan Sultan Ibrahim.
• Tunku Aminah Maimunah Iskandariah (diputerakan pada (1986-04-08)8 April 1986) [18]
• Tunku Idris Iskandar Ismail Abdul Rahman (diputerakan pada (1987-12-25)25 Disember 1987) ([19]
• Tunku Abdul Jalil Iskandar Ibrahim Ismail (diputerakan pada (1990-07-05)5 Julai 1990 dan mangkat pada 5 Disember 2015)
• Tunku Abdul Rahman Hassanal Jeffri (diputerakan pada (1993-02-05)5 Februari 1993 [20]
• Tunku Abu Bakar Mahmood Iskandar Ibrahim (diputerakan pada (2001-05-30)30 Mei 2001)

Kesemua putera dan puteri baginda diputerakan di Johor Bahru, Johor.