Semasa menjadi Sultan Riau-Johor-Lingga-Pahang, Sultan Mahmud mempunyai beberapa orang isteri:-

• Anak Bendahara Abdul Majid di Pahang. Isteri ini mangkat pada tahun 1803 tanpa beroleh anak.
• Cik Makuh, anak pembesar Bugis Daeng Maturang, yang juga dikenali dengan nama Encik Jaafar. Dari perkawinan ini lahir seorang putera bernama Tengku Hussain atau Tengku Long.
• Cik Mariam anak pembesar Bugis bernama Dato Syahbandar Hassan. Mereka beroleh seorang putera bernama Tengku Abdul Rahman (Raja Jumaat atau Si Komeng). Pulau Lingga diserahkan hakmiliknya kepada Tengku Abdul Rahman.
• Pada tahun 1803, Sultan Mahmud berkahwin dengan Raja Hamidah atau Engku Puteri anak Al Marhum Raja Haji (Marhum Teluk Ketapang). Mereka mempunyai cahaya mata perempuan tetapi meninggal dunia tidak lama setelah dilahirkan. Kata sesetengah orang, Pulau Penyengat yang berhampiran Pulau Bintan dijadikan emas kahwinnya. Pulau ini diperindah dan digelar Pulau Penyengat Indera Mulia. Baginda menyerahkan pulau itu kepada Raja Hamidah sebagai hakmilik peribadinya.