Pendidikan agama diperolehinya dari Daeng Ri Tassamang, guru kerajaan Gowa. Syekh Yusuf juga berguru pada Sayyid Ba-lawi bin Abdul Al-Allamah Attahir di Bontoala dan Syeikh Jalaludin al-Aididd yang berasal dari Aceh di Cikoang. Pada tahun 1644 sewaktu berusia 18 tahun, Syeikh Yusuf telah pergi ke Banten dan dikatakan telah belajar dengan Syeikh Abdul Muhyi Pamijahan. Seterusnya beliau ke Aceh dan dikatakan telah berguru dengan Syeikh Nuruddin ar-Raniri dan mendalami Tarikat Qadiriyah.[3]

Di Banten beliau bersahabat dengan Sultan Agung Tirtayasa, yang kelak menjadikannya mufti Kesultanan Banten.

Syeikh Yusuf juga sempat mencari ilmu ke Yaman, berguru pada Syeikh Abdullah Muhammad bin Abd Al-Baqi, dan ke Damsyik untuk berguru pada Syeikh Abu Al-Barakat Ayyub bin Ahmad bin Ayyub Al-Lhalwati Al-Quraisyi.