Walaupun terdapat beberapa deskripsi percubaan sejarah taksonomi untuk mengklasifikasikan taksonomi kepada tamadun purba, percubaan yang benar-benar saintifik untuk mengklasifikasikan organisma tidak berlaku sehingga abad ke-18. Kerja-kerja terdahulu adalah terutamanya deskriptif dan memberi tumpuan kepada tumbuhan yang berguna dalam bidang pertanian atau perubatan. Terdapat beberapa peringkat dalam pemikiran saintifik ini. Taksonomi awal didasarkan pada kriteria sewenang-wenang, sistem "buatan" yang disebut, termasuk sistem klasifikasi seksual Linnaeus. Sistem kemudiannya didasarkan pada pertimbangan yang lebih lengkap mengenai ciri-ciri takrif, yang disebut sebagai "sistem semula jadi", seperti yang dilakukan oleh Jussieu (1789), de Candolle (1813) dan Bentham dan Hooker (1862-1863). Ini adalah pra-evolusi dalam pemikiran. Penerbitan Charles Darwin On the Origin of Species (1859) membawa kepada cara pemikiran baru mengenai klasifikasi berdasarkan hubungan evolusi. Inilah konsep sistem phyletik, dari tahun 1883 dan seterusnya. Pendekatan ini digambarkan oleh Eichler (1883) dan Engler (1886-1892). Kemunculan genetik molekul dan metodologi statistik membenarkan penciptaan era moden "sistem filogenetik" berdasarkan kladistik, bukannya morfologi sahaja.[1][2][3]