Segerombolan penjenayah merompak sebuah bank di Gotham City, membunuh antara satu sama lain sehingga hanya dalang utamanya, Joker yang berjaya melarikan diri dengan wang rompakan itu dengan sebuah bas sekolah.

Batman, Peguam Daerah Harvey Dent dan Leftenan Jim Gordon membentuk satu pasukan untuk menyelamatkan Gotham dari jenayah terroris. Bruce Wayne percaya bahawa, dengan Dent sebagai para penduduk menganggap mereka adalah pelindung kepada Gotham, dia juga dapat bersara daripada menjadi Batman dan menjalani kehidupan normal bersama Rachel Dawes - walaupun dia sedar bahawa mereka berdua merupakan pasangan kekasih.

Sementara itu, Mob Maroni, Gambol, dan Chechen mengadakan sidang rakaman video bersama akauntan mereka yang korup iaitu Lau, yang telah mencuri dana dan melarikan diri ke Hong Kong. Di kesempatan itu, Joker mengganggu dan memberi amaran kepada mereka bahawa Batman tidak mempunyai bidang kuasa dan tidak terhalang oleh undang-undang Gotham, yang menawarkan untuk membunuh dia sebagai ganti setengah dari wang mereka. Selepas Gambol meletakkan karung di kepalanya, Joker membunuh Gambol dan mengambil alih gengnya. Manakala Mob pula terpakasa untuk menuruti arahan Joker dan mengambilnya sebagai ketua gengster yang baharu untuk operasinya di Gotham.

Batman mendapati Lau kini berada di Hong Kong dan memastikan akan memberkasnya kembali ke Gotham untuk memberi keterangan, membenarkan Dent untuk melumpuhkan seluruh jenayah kumpulan gengster tersebut. Joker mengancam untuk membunuh orang kecuali Batman mendedahkan identitinya. Namun Batman mengendahkan arahannya. Siri pembunuhannya bermula dengan membunuh Pesuruhjaya Polis Gillian B. Loeb dan hakim yang mengetuai perbicaraan tersebut. Kali ini, Joker dan pasukannya menyamar sebagai askar bersenjata yang akan membuat persembahan di khalayak umum. Disitu dia berjaya melepaskan tembakan ke atas Datuk Bandar Anthony Garcia, tetapi Gordon mengorbankan dirinya untuk menghentikan pembunuhan itu. Dent mengetahui bahawa Rachel adalah sasaran seterusnya.

Bruce memutuskan untuk mendedahkan identiti rahsianya mengikut arahan dari Joker. Dia mengarahkan Dent untuk adakan sidang media tergempar dengan mengisytiharkan penahanan Batman secara langsung agar Joker tidak membuat keganasan lagi. Namun, Dent mengumumkan bahawa dia adalah Batman. Dia sengaja berbuat demikian untuk menjadikan Joker sebagai umpan kelak. Dent diberkas oleh pihak polis dan akan dihantar ke pusat penahanan, ketika itulah, Joker dan konco-konconya muncul dan menyerang konvoi tersebut. Ramai nyawa pihak polis terkorban dek angkara Joker. Dia sedar ini semua adalah tipu helah Dent dan mengharapkan Batman akan muncul menyelamatkan rakannya itu. Tekaan itu tepat, Batman datang ke untuk menyelamatkan konvoi Dent. Namun, Joker telah diperangkap oleh Gordon, yang sengaja memalsukan kematiannya dan menyelianap masuk sebagai ahli geng Joker. Ketika Joker ingin membelasah Batman, Gordon mula acukan pistol kepadanya. Dengan penangkapan itu, dia dinaikkan pangkat kepada Pesuruhjaya Polis Gotham. Rachel dan Dent dikawal oleh seorang detektif perempuan yang korup (kini dibawah seliaan Joker) tanpa disedari oleh pihak polis Gotham. Manakala Joker dibawa ke pusat tahanan MCU. Gordon menerima arahan bahawa Dent tidak dihantar pulang ke rumah sebaliknya telah diculik. Dia dan Batman ini adalah angkara dari konco-konco Joker. Batman mula menyoal siasat Joker, dan dia mendedahkan bahawa Rachel dan Dent telah diculik dan dikurung di dua buah lokasi berasingan yang dicampur dengan bahan peledak dan letupan. Batman segera ke lokasi untuk menyelamatkan Rachel, sementara Gordon pula ke lokasi untuk menyelamatkan Dent. Batman tiba di bangunan itu, tetapi dia menyedari bahawa Joker menghantarnya ke lokasi Dent. Kedua-dua bangunan itu meletup, lalu membunuh Rachel dan mencacatkan separuh wajah Dent. Sementara itu di MCU, Joker melarikan diri dengan Lau, yang kemudiannya dibunuh bersama dengan Chechen di gudangnya.

Coleman Reese, seorang akauntan di Wayne Enterprises, mendakwa bahawa Bruce adalah Batman dan cuba untuk mempublikasikan maklumat tersebut. Tidak mahu Reese mengganggu rancangannya, Joker mengancam untuk memusnahkan General Hospital Gotham kecuali seseorang yang boleh membunuh Reese dalam satu jam. Gordon memerintahkan pemindahan semua hospital di Gotham dan pergi untuk mendapatkan Reese, namun Reese telah dibunuh oleh Joker. Joker juga memberikan Dent sepucuk pistol dan meyakinkan dia untuk membalas dendam atas kematian Rachel, kemudian dia memusnahkan hospital tersebut dan melarikan diri dengan sebuah bas sekolah. Dent / Two Face pergi membunuh seorang detektif perempuan yang bertanggungjawab atas kematian Rachel dengan membalik duit syiling bertuahnya.

Setelah mengumumkan Gotham akan tertakluk kepada perintah berkurung, Joker membawa dua buah feri pengangkut yang sarat dengan bahan peledak. Feri tersebut mengandungi orang awam dan tahanan penjara. Beliau berkata bahawa dia akan melancarkan letupan tepat jam 12 tengah malam, tetapi membiarkan seorang penumpangnya (yang telah dibekalkan mengaktifkan bahan peledakan ke feri yang lain). Batman berjaya memberkas Joker dengan menggunakan alat sonar yang telah diubahsuai sebagai bahan intipan di seluruh bandar, dengan bantuan Lucius Fox. Kedua-dua orang awam dan tahanan menolak untuk membunuh satu sama lain, menyebabkan rancangan Joker gagal. Joker terpaksa meletupkannya sendiri, dikesempatan itulah Batman berjaya menjatuhkan Joker dari bangunan tinggi akan tetapi dia tidak mahu membunuh Joker selepas perjuangannya gagal. Dia mahu Joker dipenjarakan. Sebelum pihak polis tiba untuk memberkas Joker. Kali ini, Joker mengarapkan Dent meneruskan legasinya untuk menunjukkan kepada penduduk Gotham yang perjuangannya masih belum menemui jalan penamat.

Gordon dan pasukan elitnya tiba di bangunan di mana Rachel dibunuh. Disitu juga, dia telah menculik isteri dan anak lelaki Gordon untuk dijadikan tebusan. Dent menembak Gordon terlebih dahulu kemudian mengugutnya untuk membunuh anak lelakinya. Gordon merayu dan tiba tiba Batman muncul untuk menyelamatkan keadaan. Dia merayu agar yang dia bertanggungjawab atas kematian Rachel dan mengarahkan Dent menembaknya menggunakan syiling bertuah. Dent menembak Batman lalu melambungkan lagi syilingnya untuk membunuh Gordon tetapi dia telah dijatuhkan dari bangunan oleh Batman. Dent akhirnya terbunuh. Batman menyesal atas kematian rakan-rakannya termasuk Dent dan Rachel. Dia mengarahkan agar Gordon mengishyistiharkan kepada umum bahawa Batman perlu dipertanggungjawab atas amukan Joker di bandar Gotham kerana dia sahaja yang mengenali Joker sejak dari dulu lagi. Dia tidak mengendahkan arahan Joker sehingga dia melakukan jenayah kejam tersebut. Batman sedia dikutuk, dicaci agar Gotham kembali seperti aman semula. Dia juga perlu bersembunyi dan tidak lagi dipengaruhi oleh pihak polis untuk menjaga keamanan Gotham walaupun secara bersendirian. Selepas pengumuman tersebut untuk memburu Batman, dua orang kananya, Lucius Fox menghapuskan peralatan isyarat sonar Batman dan Alfred Pennyworth membakar surat dari Rachel mengatakan dia merancang hasrat untuk berkahwin dengan Dent.