Dua tahun selepas peristiwa Perang Dunia Shinobi Keempat, bulan mula turun ke bumi. Memandangkan bulan kini sudah menjadi meteor yang berupaya memusnahkan segala-galanya sebaik menghentam bumi, Naruto perlu berhadapan dengan ancaman baharu ini. Krisis kali ini berpunca daripada Toneri Ōtsutsuki, seorang waris keturunan Hamura Ōtsutsuki yang nekad meneruskan legasi nenek moyangnya. Dia muncul dan menculik Hanabi Hyūga setelah gagal menculik Hinata, yang berhasrat menghadiahkan sehelai selendang merah yang dikait sendiri kepada Naruto seperti mana yang pernah dipakainya di Akademi Ninja semasa Festival Musim Sejuk Kampung Konoha. Hinata dipukul sehingga pengsan dan selendang yang dikaitnya rosak. Naruto, Hinata, Sakura, Sai, dan Shikamaru dihantar untuk menyelamatkan Hanabi. Shikamaru juga diberi sebuah jam khas yang selama ini hanya dipegang oleh lima Kage, yang mengira waktu hari kehancuran. Dalam perjalanan, Naruto sedikit demi sedikit mula menyedari konsep cinta dan perasaan Hinata. Sasuke muncul semula mempertahankan Konoha daripada meteorit. Pada satu masa, Toneri mencuri Byakugan Hanabi dan menanamnya ke dalam soket matanya sendiri, membangkitkan Tenseigan yang dihentikan oleh keturunan Hamura semasa alaf yang lalu. Dia juga berjaya menangkap Hinata, memaksanya untuk berkahwin dengannya; Hinata "menerima" tawarannya, yang menyebabkan Naruto berasa sangat tertekan setelah dibelasah teruk oleh Toneri.

Selepas tiga hari proses pemulihan, Naruto bangun dan mendapati Sakura menjadi sangat lemah kerana menyelamatkan nyawanya. Sakura bercakap dengan Naruto dan membantu Naruto sedar bahawa Hinata benar-benar mencintainya. Dengan kekuatan baharu, Naruto menyerbu markas bulan Toneri. Sementara itu di mahligai Toneri, Toneri meminta Hinata untuk mengait sehelai selendang merah untuknya, sama seperti yang dibuatnya untuk Naruto. Hinata, walau bagaimanapun, menggunakan peluang ini untuk memusnahkan Tenseigan. Toneri menangkapnya, mengurungnya di dalam sangkar besar, dan memusnahkan selendang yang dikait untuknya. Kumpulan Naruto akhirnya tiba dan serangan besar-besaran terhadap mahligai Toneri bermula. Kumpulan Naruto berpecah dan seterusnya Sai dan Shikamaru menyelamatkan Hanabi. Toneri, walau bagaimanapun, berupaya untuk menguasai Tenseigan, memasuki Mod Chakra Tenseigan, yang memberikannya kuasa mencukupi untuk membelah bulan. Naruto memasuki Mod Chakra Ekor Sembilan, dan satu pertarungan besar tercetus. Semasa menghampiri penamat, Naruto menggenggam cebisan terakhir selendang yang asalnya dibuat oleh Hinata untuknya dan menyalurkan chakranya ke genggaman penumbuk yang menggenggam cebisan tersebut lalu menghayunkan penumbuknya yang menjadi cukup kuat untuk menumpaskan Toneri dan menghentamnya ke dinding. Hinata menggunakan peluang ini untuk mendapatkan semula Byakugan Hanabi. Akhirnya Naruto berjaya menewaskan Toneri, menghalang bulan daripada jatuh, dan menyelamatkan Hinata. Naruto kemudian meluahkan perasaan cintanya kepada Hinata dan mereka berdua berciuman. Filem berakhir dengan satu siri imbas ke hadapan yang memaparkan perkahwinan Naruto dan Hinata, dan seterusnya anak-anak mereka, Boruto dan Himawari.