Tsukiji dibina di atas tanah yang ditambak di delta Sungai Sumida. Sepanjang tempoh [[Tokugawa[[ kawasan di sepanjang sungai ditebusguna menjadi kawasan komersial dan perumahan di tepian pantai.

Kebakaran besar Meireki berlaku pada 1657 . Antara yang musnah dalam kebakaran ialah Kuil Hongan-ji di Asakusa, Kanto, ibu pejabat aliran Jodo Shinshu .Maka tapak kuil dipindahkan ke Tsukiji. Beberapa candi lain juga telah didirikan .Banyak kediaman swasta untuk samurai dan usahawan telah dibina di sepanjang pinggir selatan Tsukiji.

Gempa bumi Kanto pada 1 September 1923 menyebabkan kerosakan tak terhitung .Sebahagian besar daerah Tsukiji terbakar termasuk pasar ikan. Pasar ikan Nihonbashi telah dipindahkan ke daerah Tsukiji.