Sejarah awal

Pada 22 Jun 1945, Piagam Jakarta disahkan dan menjadi bahagian pendahuluan Perlembagaan 1945 selepas frasa "dengan kewajiban menjalankan syariat Islam bagi pemeluk-pemeluknya" dibatalkan. Teks Perlembagaan 1945 Indonesia disusun semasa Sidang Kedua Badan Penyelidik Usaha Persiapan Kemerdekaan (BPUPK) diadakan antara 10-17 Julai 1945. Nama badan ini tidak mempunyai perkataan "Indonesia" kerana hanya diperuntukkan untuk Pulau Jawa sahaja, sementara Sumatera mempunyai BPUPK sendiri. Pada 18 Ogos 1945, Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI) mengesahkan UUD 1945 sebagai Perlembagaan Republik Indonesia.

1945-1949

Perlembagaan 1945 tidak dapat dilaksanakan sepenuhnya antara tahun-tahun 1945-1949 kerana Indonesia sedang sibuk dengan perjuangan mempertahankan kemerdekaan. Perintah Timbalan Presiden Nombor X pada 16 Oktober 1945 memutuskan bahawa Jawatankuasa Nasional Indonesia Pusat (KNIP) menyerah kekuasaan perundangannya kerana Majlis Musyawarah Rakyat (MPR) dan Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) masih belum dibentuk. Pada 14 November 1945, Kabinet Presiden yang merupakan kabinet Indonesia yang pertama dibentuk, suatu peristiwa yang menyimpang daripada UUD 1945.

1959-1966

Kerana Sidang Konstituante 1959 gagal menghasilkan perlembagaan baru, akibat parti-parti politik merebut kepentingan masing-masing, maka pada 5 Julai 1959, Presiden Sukarno mengeluarkan Dekri Presiden yang antara lain mengembalikan UUD 1945 untuk menggantikan Perlembagaan Sementara 1950 ketika itu.

Pada masa ini, terdapat berbagai-bagai penyimpangan Perlembagaan 1945, antaranya:

• Presiden melantik Ketua dan Timbalan Ketua untuk ketiga-tiga Majlis Musyawarah Rakyat (MPR), Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), dan Mahkamah Agung serta juga Timbalan Ketua Dewan Pertimbangan Agung menjadi Menteri Negara
• Majlis Musyawarah Rakyat Sementara (MPRS) menetapkan Sukarno sebagai presiden seumur hidup
• Pemberontakan Parti Komunis Indonesia melalui Gerakan 30 September.

1966-1998

Pada masa Order Baru (1966-1998), Kerajaan Suharto menegaskan semula kemurnian UUD 1945 dan Pancasila melalui sejumlah peraturan, antaranya:

• Ketetapan MPR Nombor I/MPR/1983 yang menyatakan bahawa MPR bertujuan untuk mempertahankan UUD 1945 dan tidak akan memindanya
• Ketetapan MPR Nombor IV/MPR/1983 yang antara lain menyatakan bahawa apabila MPR hendak meminda UUD 1945, ia harus meminta pendapat rakyat terlebih dahulu melalui pungutan suara.
• Undang-Undang Nombor 5 Tahun 1985 yang merupakan pelaksanaan Ketetapan MPR Nombor IV/MPR/1983.

Namun dalam pelaksanaannya, terjadi juga penyimpangan UUD 1945 yang mengakibatkan kekuasaan Presiden terlalu besar.