Pada saat permulaan berdirinya, Universitas Jayabaya mula dengan mengelola dua buah fakulti, iaitu Fakulti Hukum dan Fakulti Ekonomi dengan jumlah mahasiswa 11 (sebelas) orang. Sebagai Rektor pertama diangkat Prof. Mr. A.A. Hakim sekaligus merangkap sebagai Dekan Fakultas Hukum.

Kemudian pada tahun 1961/1962 Rektor Universitas Jayabaya diserahterimakan kepada Prof. Dr. H. Moeslim Taher, SH. sebagai Rektor yang kedua menjabat dari tahun 1962 sampai dengan 1988. Dia diganti oleh Prof. Dr. H. Tb. Achjani Atmakusuma sebagai Pejabat Rektor pada tahun 1988, secara rasmi menjabat Rektor sejak tahun 1989 sampai dengan tahun 1996.

Kemudian dia diganti oleh Ir. Syamsu Anwar, MS dari tahun 1996 sampai dengan 2000. Kemudian dari tahun 2000 dia diganti oleh Prof. Dr. H.R. Taufik Sri Soemantri Martosoewignyo, SH dan pada tahun September 2008 dipimpin oleh Prof. H. Amir Santoso, Phd.