Universiti Islam Omdurman pernah dipanggil sebagai Institut Ilmiah Omdurman. Institut Ilmiah Omdurman ialah institusi ilmiah swasta pertama yang ditubuhkan Sudan moden, dan melahirkan banyak ulama dan tokoh terkemuka Sudan.

Para ulama Sudan menuntut pemerintahan penjajah Sudan pada ketika itu untuk menubuhkan Institut Ilmiah Omdurman, dan mereka bersetuju dan menubuhkan institut tersebut pada 1912, sebagai maklum balas kepada pendidikan asing. Institut ini mewakili permulaan bagi pendidikan agama biasa di Sudan, yang diambil dari sistem Al-Azhar. Institut ini dibangunkan pada 1960-an dan menjadi Universiti Islam Omdurman pada 1965.